PDB-3wiy: Crystal structure of Mcl-1 in complex with compound 10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wiy

タイトル

Crystal structure of Mcl-1 in complex with compound 10

要素

Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

キーワード

APOPTOSIS / REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Sogabe, S. / Igaki, S. / Hayano, Y.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery of potent Mcl-1/Bcl-xL dual inhibitors by using a hybridization strategy based on structural analysis of target proteins.
著者: Tanaka, Y. / Aikawa, K. / Nishida, G. / Homma, M. / Sogabe, S. / Igaki, S. / Hayano, Y. / Sameshima, T. / Miyahisa, I. / Kawamoto, T. / Tawada, M. / Imai, Y. / Inazuka, M. / Cho, N. / Imaeda, Y. / Ishikawa, T.

履歴

登録	2013年9月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wiy.cif.gz	384.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wiy.ent.gz	318.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wiy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wiy_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wiy_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	3wiy_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	3wiy_validation.cif.gz	50.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wiy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wixC 3wizC 2pqkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oq5-5 5c6h-13 6oqc-1 1v14-4 1kn3-d 3pk1-1 6o6f-1 4zbi-7 5iez-3 5wot-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

E: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

F: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

115 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.288, 65.498, 97.773
Angle α, β, γ (deg.)	101.92, 89.83, 99.26
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT 分子量: 18204.686 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 172-327 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物	ChemComp-LC6 / 7-(4-{[(4-{[(2R)-4-(dimethylamino)-1-(phenylsulfanyl)butan-2-yl]amino}-3-nitrophenyl)sulfonyl]carbamoyl}-2-methylphenyl)-3-[3-(naphthalen-1-yloxy)propyl]pyrazolo[1,5-a]pyridine-2-carboxylic acid 分子量: 887.034 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₇H₄₆N₆O₈S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-tris pH 6.5, 22% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 46298 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 27.1 Å² / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.09→2.15 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.481 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PQK

2pqk

解像度: 2.15→36.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 17.252 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28293	2335	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21053	-	-	-
obs	0.21419	43840	94.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.997 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	-0.08 Å²	0.06 Å²
2-	-	1.26 Å²	0.15 Å²
3-	-	-	-1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→36.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7291	0	378	138	7807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	7825
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	2.001	10552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.037	5	899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.724	22.767	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.7	15	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.289	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.263	3.777	3614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.727	6.331	4507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.534	4.347	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.843	17.283	12515
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	187	-
R_work	0.238	3263	-
obs	-	-	94.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4592	0.5301	0.2402	1.0535	0.4176	0.7402	0.0307	0.0298	-0.0594	0.1147	0.0292	-0.0572	0.0654	-0.0405	-0.0599	0.1022	-0.0179	-0.0322	0.035	-0.0005	0.0383	-14.6155	-4.6377	29.9402
2	0.3295	-0.5461	0.1239	1.1209	0.0533	0.6992	0.0436	0.0649	-0.0122	0.0179	0.0277	-0.0237	0.0783	0.0404	-0.0713	0.0533	0.0223	-0.0272	0.1395	-0.0086	0.0411	0.1849	0.3502	-0.009
3	0.3486	-0.3875	-0.3028	0.7705	-0.018	0.6997	0.0186	0.0093	0.0152	0.041	0.0509	0.0567	-0.0612	0.0024	-0.0695	0.0737	-0.0005	0.0304	0.0781	0.0179	0.0679	-19.6772	39.205	-41.6054
4	0.3472	-0.1206	-0.251	0.6102	0.1784	0.6983	0.0735	-0.0877	0.0888	-0.0728	0.0122	0.0042	0.0121	0.0011	-0.0856	0.0548	-0.0334	0.0196	0.0633	-0.029	0.0682	6.0561	27.5063	21.8335
5	0.343	0.3414	-0.2261	1.727	-0.485	0.476	0.1461	-0.0877	0.052	0.1026	-0.0773	0.0514	-0.0419	0.1022	-0.0688	0.0987	-0.0278	0.034	0.0849	-0.0049	0.0264	-4.957	31.7101	-12.3724
6	0.6053	-0.2338	-0.0483	0.5295	-0.0622	0.816	0.0151	-0.0959	-0.1742	-0.1157	-0.0273	0.0659	-0.04	0.0836	0.0122	0.0347	-0.0032	-0.0142	0.0839	0.0743	0.0901	11.7442	5.2755	-32.937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	172 - 323
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	172 - 322
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	172 - 321
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	501
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	172 - 321
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	501
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	172 - 323
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	501
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	172 - 321
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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