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- PDB-3pk1: Crystal structure of Mcl-1 in complex with the BaxBH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pk1
タイトルCrystal structure of Mcl-1 in complex with the BaxBH3 domain
要素
  • Apoptosis regulator BAX
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS/APOPTOSIS REGULATOR / Bcl-2 family fold / Regulation of apoptosis / Bax / mitochondria / APOPTOSIS-APOPTOSIS REGULATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


release of matrix enzymes from mitochondria / BAX complex / B cell receptor apoptotic signaling pathway / Activation, translocation and oligomerization of BAX / B cell apoptotic process / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / NTRK3 as a dependence receptor / BAK complex / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process ...release of matrix enzymes from mitochondria / BAX complex / B cell receptor apoptotic signaling pathway / Activation, translocation and oligomerization of BAX / B cell apoptotic process / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / NTRK3 as a dependence receptor / BAK complex / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Transcriptional regulation by RUNX2 / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / cellular homeostasis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / mitochondrial fusion / apoptotic mitochondrial changes / execution phase of apoptosis / Bcl-2 family protein complex / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / pore complex / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of anoikis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / BH3 domain binding / cellular response to unfolded protein / transmembrane protein transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Pyroptosis / negative regulation of protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / response to cytokine / supramolecular fiber organization / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / negative regulation of autophagy / apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / Hsp70 protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to virus / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to toxic substance / positive regulation of neuron apoptotic process / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / nuclear envelope / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / DNA damage response / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Apoptosis regulator BAX / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.486 Å
データ登録者Czabotar, P.E. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Mutation to Bax beyond the BH3 domain disrupts interactions with pro-survival proteins and promotes apoptosis
著者: Czabotar, P.E. / Lee, E.F. / Thompson, G.V. / Wardak, A.Z. / Fairlie, W.D. / Colman, P.M.
履歴
登録2010年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Apoptosis regulator BAX
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
D: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,25422
ポリマ－50,2314
非ポリマー2,02318
水88349
1
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,24012
ポリマ－25,1152
非ポリマー1,12410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area9050 Å2
手法PISA
2
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
D: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,01510
ポリマ－25,1152
非ポリマー8998
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area8930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.923, 81.469, 57.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERGLYGLYchain A and (resseq 173:192 or resseq 205:321 )AA173 - 19236 - 55
121THRTHRVALVALchain A and (resseq 173:192 or resseq 205:321 )AA205 - 32168 - 184
211SERSERGLYGLYchain C and (resseq 173:192 or resseq 205:321 )CC173 - 19236 - 55
221THRTHRVALVALchain C and (resseq 173:192 or resseq 205:321 )CC205 - 32168 - 184
112ALAALAILEILEchain B and (resseq 54:80 )BB54 - 807 - 33
212ALAALAILEILEchain D and (resseq 54:80 )DD54 - 807 - 33

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 21278.070 Da / 分子数: 2 / 断片: Mcl-1 Bcl-2 like region, UNP residues 174-326 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 4 / Bcl2-L-4


分子量: 3837.381 Da / 分子数: 2 / 断片: BH3 domain, UNP residues 48-81 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07812
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1M Sodium Acetate, 0.1M Hepes, 25mM Cadmium Sulfate, 5mM TCEP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95364 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月26日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h+2*l,-k,-l / Fraction: 0.154
反射解像度: 2.486→50 Å / Num. all: 13250 / Num. obs: 13065 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 17.13
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.5-2.594.90.6412.351237194.1
2.59-2.695.20.5872.821273196.8
2.69-2.825.50.4873.691308198.7
2.82-2.965.90.1414.91317199.7
2.96-3.1560.3136.71302199.7
3.15-3.3960.18610.881331199.5
3.39-3.736.10.11316.371303199.8
3.73-4.2760.0724.11341199.8
4.27-5.386.10.05131.891321199.8
5.38-505.80.03641.471332197.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NL9

2nl9


解像度: 2.486→20.136 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.4 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2447 671 5.14 %Random
Rwork0.212 ---
obs0.2135 13062 98.2 %-
all-13733 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.211 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 162.63 Å2 / Biso min: 17.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.5445 Å20 Å223.7726 Å2
2---11.0388 Å20 Å2
3---1.4943 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.486→20.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2673 0 18 49 2740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082707
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1013627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.41027
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003457
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
12C1114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
21B213X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
22D213X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4887-2.73840.35831520.31342959X-RAY DIFFRACTION90
2.7384-3.1330.33791490.27763137X-RAY DIFFRACTION95
3.133-3.94110.22981680.20863127X-RAY DIFFRACTION95
3.9411-18.6250.20541830.1713168X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.23680.0926-0.17441.09780.24431.39520.0125-0.1189-0.018-0.0857-0.17440.1829-0.0898-0.008600.35470.0314-0.0030.3451-0.00470.421617.2162-45.8321-2.5905
20.0689-0.01990.20310.0135-0.13050.26370.11930.004-0.23610.2739-0.0961-0.50320.2869-0.05570.00020.3402-0.00060.02750.3886-0.00260.31322.6665-52.50939.2911
30.72810.0888-1.25640.94040.62710.45390.12330.1068-0.11560.048-0.09370.2441-0.1697-0.00600.36440.0173-0.02890.3655-0.02440.3593.3922-21.889818.5031
40.1743-0.0986-0.16840.0172-0.06130.0659-0.16820.1755-0.01230.67280.0438-0.1774-0.1453-0.1747-00.4078-0.02520.02050.3949-0.02720.39116.4056-15.373818.9866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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