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万見
- PDB-3wi5: Crystal structure of the Loop 7 mutant PorB from Neisseria mening... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wi5
タイトルCrystal structure of the Loop 7 mutant PorB from Neisseria meningitidis serogroup B
要素Major outer membrane protein P.IB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / porin / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / MyD88 deficiency (TLR2/4) / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / porin activity / pore complex / cell outer membrane / ER-Phagosome pathway / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Porin, Neisseria sp. type / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, Neisseria sp. type / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Major outer membrane protein P.IB
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kattner, C. / Toussi, D. / Wetzler, L.M. / Ruppel, N. / Massari, P. / Tanabe, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystallographic analysis of Neisseria meningitidis PorB extracellular loops potentially implicated in TLR2 recognition.
著者: Kattner, C. / Toussi, D.N. / Zaucha, J. / Wetzler, L.M. / Ruppel, N. / Zachariae, U. / Massari, P. / Tanabe, M.
履歴
登録2013年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major outer membrane protein P.IB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2043
ポリマ－33,8251
非ポリマー3782
水1,47782
1
A: Major outer membrane protein P.IB
ヘテロ分子

A: Major outer membrane protein P.IB
ヘテロ分子

A: Major outer membrane protein P.IB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6119
ポリマ－101,4763
非ポリマー1,1356
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area8410 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area42070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.486, 143.486, 178.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Major outer membrane protein P.IB / PIB / Protein IB / Class 3 protein / Porin


分子量: 33825.363 Da / 分子数: 1 / 変異: D259A, D260K, E266R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: porB, NMB2039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30690
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 65mM HEPES pH 7.5, 1.1M tri-sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月22日
放射モノクロメーター: toroidal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25466 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 17.4 / Observed criterion σ(I): 1.55
反射 シェル解像度: 2.4→2.45 Å / % possible all: 73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VZT

3vzt


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25596 1791 7 %RANDOM
Rwork0.22745 ---
obs0.22946 23673 91.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.113 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.15 Å2-0.57 Å2-0 Å2
2---1.15 Å2-0 Å2
3---1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2393 0 26 82 2501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6381.9353330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0525311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2524.298121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.61515392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2031514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021927
LS精密化 シェル解像度: 2.404→2.466 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 107 -
Rwork0.305 1376 -
obs--72.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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