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- PDB-1a0t: SUCROSE-SPECIFIC PORIN, WITH BOUND SUCROSE MOLECULES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a0t
タイトルSUCROSE-SPECIFIC PORIN, WITH BOUND SUCROSE MOLECULES
要素SUCROSE-SPECIFIC PORIN
キーワードOUTER MEMBRANE PROTEIN / PORIN
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide transport / porin activity / pore complex / carbohydrate transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
LamB-type porin N-terminal domain / Maltoporin periplasmic N-terminal extension / Porin, LamB type / Porin, LamB-type / Porin, LamB-type superfamily / : / LamB porin / Maltoporin; Chain A / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Sucrose porin
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Diederichs, K. / Welte, W.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of the sucrose-specific porin ScrY from Salmonella typhimurium and its complex with sucrose.
著者: Forst, D. / Welte, W. / Wacker, T. / Diederichs, K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Scry, a Specific Bacterial Outer Membrane Porin
著者: Forst, D. / Schulein, K. / Wacker, T. / Diederichs, K. / Kreutz, W. / Benz, R. / Welte, W.
履歴
登録1997年12月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月2日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: SUCROSE-SPECIFIC PORIN
Q: SUCROSE-SPECIFIC PORIN
R: SUCROSE-SPECIFIC PORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,17512
ポリマ－136,0013
非ポリマー2,1749
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15250 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area43200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.800, 111.800, 147.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.49839, 0.864212, 0.06888), (-0.866499, -0.499125, -0.007322), (0.028052, -0.063334, 0.997598)-54.441, -31.931, 1.0074
2given(-0.499843, -0.865649, 0.02843), (0.863846, -0.50064, -0.055946), (0.062663, -0.003405, 0.998029)-54.9001, 31.273, 2.2337

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要素

#1: タンパク質 SUCROSE-SPECIFIC PORIN


分子量: 45333.668 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
細胞内の位置: OUTER MEMBRANE / 遺伝子: SCRY / プラスミド: PSO112 / 細胞内の位置 (発現宿主): OUTER MEMBRANE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): KS 26 / 参照: UniProt: P22340
#2: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION USING THE SITTING-DROP METHOD. THE DROP CONTAINED 5-7 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS/CL AT PH 7.7, 100MM LICL, 20MM MGSO4, 1.2% BETA-D- ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION USING THE SITTING-DROP METHOD. THE DROP CONTAINED 5-7 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS/CL AT PH 7.7, 100MM LICL, 20MM MGSO4, 1.2% BETA-D-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE AND 6-9% PEG-2000. THE CONCENTRATION OF PEG IN THE RESERVOIR WAS 12-15%. 2M SUCROSE WAS ADDED TO THE DROP FOR COCRYSTALLIZATION., vapor diffusion - sitting drop
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-7 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-Cl1drop
3100 mM1dropLiCl
420 mM1dropMgSO4
51.2 %beta-D-octylglucopyranoside1drop
61 %C6DAO1drop
71 %beta-D-heptylglucopyranoside1drop
86-9 %PEG20001drop
9100 mMsucrose1drop
1012-15 %PEG20001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: STOE / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年4月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→17 Å / Num. obs: 65815 / % possible obs: 80.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.74 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.4→3 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.524 / % possible all: 84
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.161

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: SUCROSE PORIN (PDB ENTRY 1AOS)

1aos


解像度: 2.4→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 891 2 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 55335 67.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.31 Å
Luzzati d res low-17 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9606 0 141 330 10077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.73
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.521.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.112
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.112.5
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0.1 Å / Weight Biso : 1 / Weight position: 50

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)
11RESTRAINTS0.562
221.057
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.058 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3694 41 8.4 %
Rwork0.2945 4826 -
obs--59.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCDSX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.IONTOPH19.ION
X-RAY DIFFRACTION4SUC.PARSUC.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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