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万見
- PDB-3whd: C-type lectin, human MCL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3whd
タイトルC-type lectin, human MCL
要素C-type lectin domain family 4 member D
キーワードIMMUNE SYSTEM / c-type lectin / carbohydrate recognition / glycolipid binding / Plasmamembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid dendritic cell activation / T cell differentiation involved in immune response / antifungal innate immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / immunoglobulin receptor binding / pattern recognition receptor activity / Dectin-2 family / D-mannose binding / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane ...positive regulation of myeloid dendritic cell activation / T cell differentiation involved in immune response / antifungal innate immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / immunoglobulin receptor binding / pattern recognition receptor activity / Dectin-2 family / D-mannose binding / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / specific granule membrane / carbohydrate binding / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-type lectin domain family 4 member D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Furukawa, A. / Kamishikiryo, J. / Mori, D. / Toyonaga, K. / Okabe, Y. / Toji, A. / Kanda, R. / Miyake, Y. / Ose, T. / Yamasaki, S. / Maenaka, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural analysis for glycolipid recognition by the C-type lectins Mincle and MCL
著者: Furukawa, A. / Kamishikiryo, J. / Mori, D. / Toyonaga, K. / Okabe, Y. / Toji, A. / Kanda, R. / Miyake, Y. / Ose, T. / Yamasaki, S. / Maenaka, K.
履歴
登録2013年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 4 member D
C: C-type lectin domain family 4 member D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6134
ポリマ－36,5332
非ポリマー802
水4,161231
1
A: C-type lectin domain family 4 member D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3072
ポリマ－18,2671
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: C-type lectin domain family 4 member D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3072
ポリマ－18,2671
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.190, 96.056, 104.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 C-type lectin domain family 4 member D / C-type lectin superfamily member 8 / C-type lectin-like receptor 6 / CLEC-6


分子量: 18266.561 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain, UNP residues 61-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLEC4D / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) plysS / 参照: UniProt: Q8WXI8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→40.483 Å / Num. obs: 19569 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 8.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→40.483 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8372 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 980 5.01 %
Rwork0.1758 --
obs0.1778 19567 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.18 Å2 / Biso mean: 34.8584 Å2 / Biso min: 18.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→40.483 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2426 0 2 231 2659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1713387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.457905
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2898-2.41050.26641340.2122476261094
2.4105-2.56150.26831340.198226502784100
2.5615-2.75920.27031380.202826482786100
2.7592-3.03680.25821490.19326292778100
3.0368-3.4760.22251380.179926822820100
3.476-4.37860.18451450.153826942839100
4.3786-40.48880.18661420.162128082950100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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