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万見
- PDB-3wgz: Crystal structure of meso-dapdh Q154L/T173I/R199M/P248S/H249N/N27... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wgz
タイトルCrystal structure of meso-dapdh Q154L/T173I/R199M/P248S/H249N/N276S mutant with D-leucine of from Clostridium tetani E88
要素Meso-diaminopimelate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / meso-diaminopimelate dehydrogenase / mutation / domain motion / d-leucine
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate dehydrogenase, Ddh / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase, C-terminal / Diaminopimelic acid dehydrogenase C-terminal domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-LEUCINE / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium tetani (破傷風菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Liu, W.D. / Li, Z. / Huang, C.H. / Guo, R.T. / Wu, Q.Q. / Zhu, D.M.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of meso-dapdh Q154L/T173I/R199M/P248S/H249N/N276S mutant with D-leucine of from Clostridium tetani E88
著者: Liu, W.D. / Li, Z. / Huang, C.H. / Guo, R.T. / Wu, Q.Q. / Zhu, D.M.
履歴
登録2013年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meso-diaminopimelate dehydrogenase
B: Meso-diaminopimelate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6983
ポリマ－72,5672
非ポリマー1311
水9,116506
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area28290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.727, 136.072, 60.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Meso-diaminopimelate dehydrogenase


分子量: 36283.250 Da / 分子数: 2 / 変異: Q154L, T173I, R199M, P248S, H249N, N276S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clostridium tetani (破傷風菌) / 株: E88 / 遺伝子: CTC_02532, meso-dapdh / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q890V3, diaminopimelate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-DLE / D-LEUCINE / D-ロイシン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 % / Mosaicity: 0.551 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG20000, MES, glycerol, d-leucine, pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月26日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→25 Å / Num. obs: 33308 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.721 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.334.40.48833381.5171100
2.33-2.424.50.37132931.5581100
2.42-2.534.60.30333261.6081100
2.53-2.674.60.20733101.6451100
2.67-2.834.60.16333341.8411100
2.83-3.054.60.11833321.9391100
3.05-3.364.60.07333271.9031100
3.36-3.844.60.04433351.7041100
3.84-4.844.50.03433281.933199.9
4.84-254.60.02833851.557199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1f06

1f06


解像度: 2.25→24.98 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8005 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 1579 4.7 %
Rwork0.2061 --
obs-31803 95.4 %
溶媒の処理Bsol: 72.0174 Å2
原子変位パラメータBiso max: 129.73 Å2 / Biso mean: 53.4655 Å2 / Biso min: 24.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.298 Å20 Å20.563 Å2
2---17.435 Å2-0 Å2
3---8.137 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→24.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5056 0 9 506 5571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.367
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1782
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.6212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1682.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.330.31521430.27742756289986.9
2.33-2.420.32651530.26122864301791.1
2.42-2.530.36411580.29132889304791.6
2.53-2.670.30271480.24482969311794.1
2.67-2.830.32061560.24823049320596
2.83-3.050.32441580.24393092325097.5
3.05-3.360.28061690.21583116328598.6
3.36-3.850.27281890.19683123331299.3
3.85-4.850.20291490.16223177332699.6
4.85-500.010.22861560.19083189334599
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3DLE.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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