[日本語] English
万見
- PDB-3wgx: Crystal structure of ERp46 Trx2 in a complex with Prx4 C-term -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wgx
タイトルCrystal structure of ERp46 Trx2 in a complex with Prx4 C-term
要素
  • Peroxiredoxin-4
  • Thioredoxin domain-containing protein 5
キーワードISOMERASE / PDI family member / thioredoxin domain / protein disulfide isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体 / protein disulfide-isomerase / negative regulation of male germ cell proliferation / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein disulfide isomerase activity / molecular sequestering activity / protein-disulfide reductase activity ...thioredoxin-dependent peroxiredoxin activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体 / protein disulfide-isomerase / negative regulation of male germ cell proliferation / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein disulfide isomerase activity / molecular sequestering activity / protein-disulfide reductase activity / extracellular matrix organization / Neutrophil degranulation / reactive oxygen species metabolic process / protein maturation / lysosomal lumen / cell redox homeostasis / male gonad development / azurophil granule lumen / protein folding / spermatogenesis / response to oxidative stress / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Disulphide isomerase / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site ...: / Disulphide isomerase / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxiredoxin-4 / Thioredoxin domain-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.92 Å
データ登録者Inaba, K. / Suzuki, M. / Kojima, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Radically different thioredoxin domain arrangement of ERp46, an efficient disulfide bond introducer of the mammalian PDI family
著者: Kojima, R. / Okumura, M. / Masui, S. / Kanemura, S. / Inoue, M. / Saiki, M. / Yamaguchi, H. / Hikima, T. / Suzuki, M. / Akiyama, S. / Inaba, K.
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin domain-containing protein 5
B: Thioredoxin domain-containing protein 5
C: Peroxiredoxin-4
D: Peroxiredoxin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2285
ポリマ－30,1364
非ポリマー921
水6,990388
1
A: Thioredoxin domain-containing protein 5
C: Peroxiredoxin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0682
ポリマ－15,0682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6220 Å2
手法PISA
2
B: Thioredoxin domain-containing protein 5
D: Peroxiredoxin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1603
ポリマ－15,0682
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.098, 36.406, 40.594
Angle α, β, γ (deg.)81.17, 87.47, 85.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Thioredoxin domain-containing protein 5 / ERp46 / Endoplasmic reticulum resident protein 46 / ER protein 46 / Thioredoxin-like protein p46


分子量: 12975.602 Da / 分子数: 2 / 断片: Trx2 domain, UNP residues 190-298 / 変異: C220A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLP46 / プラスミド: pOPTG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)RIPL / 参照: UniProt: Q8NBS9
#2: タンパク質・ペプチド Peroxiredoxin-4 / Prx4


分子量: 2092.330 Da / 分子数: 2 / 断片: c-term domain, UNP residues 244-263 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O08807
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1 M MES, 20% PEG3350 , pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月17日
放射モノクロメーター: DIP-6040 Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.92→26.785 Å / Num. obs: 126561 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 7.86 Å2
反射 シェル解像度: 0.92→0.94 Å / % possible all: 62.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1386)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.92→26.785 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.9281 / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 13.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.158 6367 5.03 %
Rwork0.1396 --
obs0.1405 126561 92.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 37.18 Å2 / Biso mean: 11.1088 Å2 / Biso min: 3.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.92→26.785 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1864 0 6 388 2258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52945
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.217824
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.9204-0.93080.25871950.23063445364080
0.9308-0.94180.19441900.19113814400488
0.9418-0.95330.20882030.17663847405088
0.9533-0.96530.18661940.16433829402389
0.9653-0.97810.17342140.16133863407789
0.9781-0.99150.16761890.15053892408189
0.9915-1.00560.16422200.14093866408690
1.0056-1.02060.1542300.13273858408890
1.0206-1.03660.14622010.1233923412490
1.0366-1.05360.13882000.11583915411590
1.0536-1.07170.13092130.10813990420391
1.0717-1.09120.12462090.10443915412491
1.0912-1.11220.12822190.1053950416992
1.1122-1.13490.11742260.10154005423192
1.1349-1.15960.12461940.09954004419892
1.1596-1.18660.1172320.10223996422893
1.1866-1.21620.13821860.10474109429593
1.2162-1.24910.11822270.10934008423593
1.2491-1.28590.12781960.11634049424593
1.2859-1.32740.1442140.1244045425994
1.3274-1.37480.16541940.13554129432394
1.3748-1.42990.14212310.13544108433995
1.4299-1.49490.16562520.13754094434695
1.4949-1.57370.16592290.13554150437996
1.5737-1.67230.15551860.13894236442296
1.6723-1.80140.1522120.1424161437397
1.8014-1.98270.1642370.14874204444197
1.9827-2.26940.15232390.14524279451898
2.2694-2.85870.18722280.16654245447398
2.8587-26.79620.17362070.15064265447298

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る