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万見
- PDB-3wfd: Reduced and acetaldoxime-bound cytochrome c-dependent nitric oxid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wfd
タイトルReduced and acetaldoxime-bound cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment
要素
  • (Nitric oxide reductase subunit ...) x 2
  • (antibody fab fragment ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM/OXIDOREDUCTASE (免疫系) / metal-binding / membrane protein (膜タンパク質) / IMMUNE SYSTEM-OXIDOREDUCTASE complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase (cytochrome c) / nitric oxide reductase activity / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / respirasome / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / heme binding ...nitric oxide reductase (cytochrome c) / nitric oxide reductase activity / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / respirasome / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / シトクロムc ...Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / シトクロムc / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 抗体 / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(1E)-N-hydroxyethanimine / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitric oxide reductase subunit C / Nitric oxide reductase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sato, N. / Ishii, S. / Hino, T. / Sugimoto, H. / Fukumori, Y. / Shiro, Y. / Tosha, T.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structures of reduced and ligand-bound nitric oxide reductase provide insights into functional differences in respiratory enzymes.
著者: Sato, N. / Ishii, S. / Sugimoto, H. / Hino, T. / Fukumori, Y. / Sako, Y. / Shiro, Y. / Tosha, T.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structural basis of biological N2O generation by bacterial nitric oxide reductase
著者: Hino, T. / Matsumoto, Y. / Nagano, S. / Sugimoto, H. / Fukumori, Y. / Murata, T. / Iwata, S. / Shiro, Y.
履歴
登録2013年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: antibody fab fragment light chain
H: antibody fab fragment heavy chain
B: Nitric oxide reductase subunit B
C: Nitric oxide reductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,41912
ポリマ－116,4164
非ポリマー3,0048
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17030 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area39130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.927, 106.747, 196.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Nitric oxide reductase subunit ... , 2種, 2分子 BC

#3: タンパク質 Nitric oxide reductase subunit B / NOR large subunit / Nitric oxide reductase cytochrome b subunit


分子量: 52215.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1
参照: UniProt: Q59647, nitric oxide reductase (cytochrome c)
#4: タンパク質 Nitric oxide reductase subunit C / NOR small subunit / Nitric oxide reductase cytochrome c subunit


分子量: 16374.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 参照: UniProt: Q59646

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 antibody fab fragment light chain


分子量: 23735.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 antibody fab fragment heavy chain


分子量: 24089.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 1種, 2分子

#8: 糖 ChemComp-10M / decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside / (2R,3R,4S,5S,6R)-2-((2R,3S,4R,5R,6S)-6-Decylsulfanyl-4,5-dihydroxy-2-hydroxymethyl-tetrahydro-pyran-3-yloxy)-6-hydroxymethyl-tetrahydro-pyran-3,4,5-triol, n-Decyl-beta-D-thiomaltoside / デシルβ-D-チオマルトピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 498.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O10S / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 6種, 301分子

#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物 ChemComp-AXO / (1E)-N-hydroxyethanimine / Acetaldoxime / E-アセトアルドキシム / Acetaldoxime


分子量: 59.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 100mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月7日 / 詳細: mirrors
回折測定詳細: 0.60 degrees, 1.9 sec, detector distance 200.00 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.096 / 数: 582197
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 83226 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 16.296
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.783 / Mean I/σ(I) obs: 2.795 / Rsym value: 0.783 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 582197

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SPACEデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O0R

3o0r


解像度: 2.3→33.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.428 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 4224 5.1 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.1933 82815 96.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 156.65 Å2 / Biso mean: 60.6795 Å2 / Biso min: 34.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.67 Å2-0 Å20 Å2
2---1.85 Å2-0 Å2
3---3.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8060 0 201 295 8556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.028528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9412.03611634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.48551025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.99623.204334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.435151304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6281536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.21269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0226536
LS精密化 シェル解像度: 2.296→2.355 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 214 -
Rwork0.272 3997 -
all-4211 -
obs--66.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0718-1.030.20651.81460.26530.30420.01290.10.0234-0.11830.0632-0.1104-0.04890.1277-0.07620.1571-0.03420.03030.5135-0.10830.289136.2016-15.8882-0.5099
20.99710.33360.63561.55420.91932.0533-0.03830.02880.1373-0.1181-0.0510.1961-0.1046-0.07930.08930.14550.0044-0.03660.4576-0.09510.274514.6109-12.2056-0.2931
30.4291-0.2912-0.36612.22561.6011.60650.0592-0.06430.0323-0.10180.0819-0.101-0.34290.0892-0.14110.3242-0.04080.00240.3554-0.10430.125925.489624.51935.3825
43.2604-6.797-1.214621.35825.20261.8889-0.0107-0.27540.09020.7433-0.02090.01040.4511-0.00540.03160.5344-0.00980.05120.4054-0.04140.012119.579215.787256.8791
53.35620.84711.63041.50241.26962.3028-0.01720.0049-0.0046-0.24480.0232-0.01240.07210.0882-0.0060.25460.0156-0.01040.3959-0.0450.167528.2174-44.9623-21.8759
61.6436-0.2171-0.46512.66690.69540.3447-0.0487-0.2647-0.193-0.1019-0.0368-0.0070.08520.00750.08540.1960.02790.02780.4459-0.0080.228417.438-48.0386-10.7885
70.98-0.3506-0.51992.38691.17522.3885-0.0593-0.0316-0.0740.42930.1626-0.16720.29030.2653-0.10330.22730.0416-0.07320.3978-0.11810.227731.2893-3.51528.2009
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3B10 - 458
4X-RAY DIFFRACTION3B801 - 804
5X-RAY DIFFRACTION3B806
6X-RAY DIFFRACTION4C5 - 37
7X-RAY DIFFRACTION5L109 - 213
8X-RAY DIFFRACTION6H125 - 225
9X-RAY DIFFRACTION7C38 - 146
10X-RAY DIFFRACTION7C201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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