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万見
- PDB-3wfb: Reduced cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wfb
タイトルReduced cytochrome c-dependent nitric oxide reductase (cNOR) from Pseudomonas aeruginosa in complex with antibody fragment
要素
  • (Nitric oxide reductase subunit ...) x 2
  • (antibody fab fragment ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM/OXIDOREDUCTASE / metal-binding / membrane protein / IMMUNE SYSTEM-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase (cytochrome c) / nitric oxide reductase activity / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / : / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / heme binding ...nitric oxide reductase (cytochrome c) / nitric oxide reductase activity / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / : / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome c ...Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitric oxide reductase subunit C / Nitric oxide reductase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sato, N. / Ishii, S. / Hino, T. / Sugimoto, H. / Fukumori, Y. / Shiro, Y. / Tosha, T.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structures of reduced and ligand-bound nitric oxide reductase provide insights into functional differences in respiratory enzymes.
著者: Sato, N. / Ishii, S. / Sugimoto, H. / Hino, T. / Fukumori, Y. / Sako, Y. / Shiro, Y. / Tosha, T.
履歴
登録2013年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: antibody fab fragment light chain
H: antibody fab fragment heavy chain
B: Nitric oxide reductase subunit B
C: Nitric oxide reductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,39910
ポリマ－116,4164
非ポリマー1,9836
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16200 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area38790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.763, 110.644, 193.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Nitric oxide reductase subunit ... , 2種, 2分子 BC

#3: タンパク質 Nitric oxide reductase subunit B / NOR large subunit / Nitric oxide reductase cytochrome b subunit


分子量: 52215.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1
参照: UniProt: Q59647, nitric oxide reductase (cytochrome c)
#4: タンパク質 Nitric oxide reductase subunit C / NOR small subunit / Nitric oxide reductase cytochrome c subunit


分子量: 16374.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 参照: UniProt: Q59646

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 antibody fab fragment light chain


分子量: 23735.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 antibody fab fragment heavy chain


分子量: 24089.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 6種, 140分子

#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 100 mM sodium citrate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月10日 / 詳細: mirrors
回折測定詳細: 0.50 degrees, 1.7 sec, detector distance 250.00 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.077 / 数: 216044
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 54416 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 15.966
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.823 / % possible all: 99.5
Cell measurementReflection used: 216044

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SPACEデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O0R

3o0r


解像度: 2.7→41.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.72 / SU B: 25.378 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24962 2749 5.1 %RANDOM
Rwork0.20233 ---
obs0.20476 51260 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.461 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.66 Å20 Å20 Å2
2--3.29 Å2-0 Å2
3---4.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8060 0 132 134 8326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.028456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7421.9911542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49451025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.04523.204334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.588151304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9691536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 184 -
Rwork0.329 3677 -
obs--98.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7121-0.7862-0.07431.1970.14640.6825-0.04290.16290.0362-0.06280.1744-0.0223-0.1080.141-0.13160.4978-0.06-0.00340.5786-0.15860.493733.8861-16.9909-0.2098
21.50680.51490.91680.98270.97111.210.038-0.10570.2504-0.1786-0.07070.03350.08510.05670.03260.66520.0292-0.04520.5255-0.10030.37125.6073-45.8159-21.9222
30.85780.24080.66721.19390.42580.6237-0.0681-0.06330.1183-0.1353-0.12880.17670.00770.00190.19690.5331-0.0038-0.05820.5872-0.19810.458412.2783-13.36130.3977
41.699-1.2504-0.44721.42610.55790.2443-0.0138-0.3245-0.2242-0.0783-0.16260.25790.0298-0.07090.17650.55960.03860.01450.5839-0.01410.489415.2207-48.8866-10.615
50.50621.53891.05285.88892.42382.80760.3347-0.0982-0.05360.5652-0.2079-0.26450.6431-0.0957-0.12681.1022-0.05930.12520.4272-0.190.131116.653612.069758.5636
60.0328-0.2286-0.14962.11911.36420.9507-0.1045-0.00670.04750.48870.2409-0.15610.20670.0649-0.13640.74290.0579-0.14430.4483-0.23090.504728.9788-5.620429.0364
70.0262-0.0659-0.07341.95121.81771.70420.02780.0619-0.0948-0.0252-0.0392-0.0401-0.0762-0.04280.01140.68270.0429-0.10480.3515-0.2310.386222.749221.833937.7365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2L110 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 124
4X-RAY DIFFRACTION4H125 - 225
5X-RAY DIFFRACTION5C5 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6C38 - 146
7X-RAY DIFFRACTION6C201
8X-RAY DIFFRACTION7B10 - 458
9X-RAY DIFFRACTION7B801 - 805

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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