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- PDB-3we5: Crystal structure of ubiquitin conjugating enzyme E2 UbcA1 from A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3we5
タイトルCrystal structure of ubiquitin conjugating enzyme E2 UbcA1 from Agrocybe aegerita
要素Ubiquitin conjugating enzyme
キーワードLIGASE / alpha / beta / ubiquitin conjugating enzyme E2 / ubiquitin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Ubiquitin conjugating enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Agrocybe aegerita (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Li, D.F. / Feng, L. / Wang, D.C. / Liu, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ubiquitin conjugating enzyme E2 UbcA1 from Agrocybe aegerita
著者: Li, D.F. / Feng, L. / Wang, D.C. / Liu, W.
履歴
登録2013年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin conjugating enzyme
B: Ubiquitin conjugating enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4774
ポリマ－38,3252
非ポリマー1522
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ubiquitin conjugating enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3153
ポリマ－19,1631
非ポリマー1522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Ubiquitin conjugating enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1631
ポリマ－19,1631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.930, 34.760, 128.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-488-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin conjugating enzyme / E2 UbcA1


分子量: 19162.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agrocybe aegerita (菌類) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: H9CTH3, ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.45 Å / Num. all: 37328 / Num. obs: 37008 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3958 / Rsym value: 0.204 / % possible all: 72.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FO3

2fo3


解像度: 1.7→34.641 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 位相誤差: 24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 3704 10.01 %RANDOM
Rwork0.2021 ---
all0.2053 37328 --
obs0.2053 37002 93.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.318 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0819 Å20 Å2-3.8686 Å2
2--0.2478 Å20 Å2
3----3.3297 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2178 0 10 343 2531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1253040
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.708822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005397
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.72240.3259860.293683562
1.7224-1.7460.3002970.28190167
1.746-1.77090.30431240.2576101874
1.7709-1.79740.3041220.2548105781
1.7974-1.82540.25391240.2408118485
1.8254-1.85540.26211370.2421119590
1.8554-1.88740.28371400.2316127595
1.8874-1.92170.30081830.2688136399
1.9217-1.95860.22971280.22521324100
1.9586-1.99860.24461350.21821405100
1.9986-2.04210.25781310.2021388100
2.0421-2.08960.22891620.20331323100
2.0896-2.14180.23351530.20451354100
2.1418-2.19970.23751310.21311388100
2.1997-2.26440.29781690.2377131899
2.2644-2.33750.22261480.21141371100
2.3375-2.4210.25651440.20691398100
2.421-2.51790.24771660.20381329100
2.5179-2.63250.24211420.19891363100
2.6325-2.77120.24851660.20891354100
2.7712-2.94470.22651580.20511380100
2.9447-3.1720.23271680.20041363100
3.172-3.49090.23611530.18441399100
3.4909-3.99540.19011320.17137399
3.9954-5.03130.18821590.1667136397
5.0313-34.64780.2271460.2082127788

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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