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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wdm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 4-phosphopantoate-beta-alanine ligase from Thermococcus kodakarensis | ||||||
![]() | 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase | ||||||
![]() | LIGASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-phosphopantoate-beta-alanine ligase / acid-amino acid ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kishimoto, A. / Kita, A. / Ishibashi, T. / Tomita, H. / Yokooji, Y. / Imanaka, T. / Atomi, H. / Miki, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of phosphopantothenate synthetase from Thermococcus kodakarensis 著者: Kishimoto, A. / Kita, A. / Ishibashi, T. / Tomita, H. / Yokooji, Y. / Imanaka, T. / Atomi, H. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29891.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: KOD1 / 遺伝子: TK1686 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5JIZ8, 4-phosphopantoate-beta-alanine ligase #2: 化合物 | ChemComp-ADN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 18-20% PEG 3350, 200mM ammonium acetate, 100mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月26日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 66956 / Num. obs: 66956 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 18 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 95.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.2496 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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