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万見
- PDB-3wdc: N-terminal domain of Mycobacterium tuberculosis ClpC1 bound to Cy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wdc
タイトルN-terminal domain of Mycobacterium tuberculosis ClpC1 bound to Cyclomarin A
要素
  • Cyclomarin A
  • Probable ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
キーワードChaperone/Antimicrobial protein / Chaperone / Chaperone-Antimicrobial protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / cellular response to heat / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. ...Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, repeat (R) domain / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclomarin A / 酢酸塩 / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1 / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Streptomyces (ストレプトマイセス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Vasudevan, D. / Noble, C.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of mycobacterial inhibition by cyclomarin A
著者: Vasudevan, D. / Rao, S.P.S. / Noble, C.G.
履歴
登録2013年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
B: Cyclomarin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1963
ポリマ－18,1372
非ポリマー591
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.880, 58.690, 63.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit / ClpC1


分子量: 17073.557 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-145 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: clpC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A522, UniProt: P9WPC9*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Cyclomarin A


タイプ: Cyclic peptide環状ペプチド / クラス: 抗炎症剤抗炎症薬 / 分子量: 1063.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces (ストレプトマイセス属)
参照: Cyclomarin A
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M ammonium acetate, 20% polyethylene glycol 3350, 0.025M magnesium, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→45 Å / Num. obs: 42423

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WDB

3wdb


解像度: 1.18→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 0.924 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1594 2141 5.1 %RANDOM
Rwork0.1223 ---
obs0.1241 40221 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.35 Å2 / Biso mean: 13.093 Å2 / Biso min: 3.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 4 167 1388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9852.0242095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8115223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09423.42176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.01715302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1871518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021162
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.81131516
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free43.556523
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.2751600
LS精密化 シェル解像度: 1.18→1.211 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 152 -
Rwork0.166 2688 -
all-2840 -
obs--98.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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