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- PDB-3wcn: Crystal structure of the depentamerized mutant of selenocysteine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wcn
タイトルCrystal structure of the depentamerized mutant of selenocysteine synthase SelA
要素L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Fold-type-I pyridoxal 5'-phosphate (PLP) dependent enzyme / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / selenocysteine synthesis / selenium metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


L-seryl-tRNASec selenium transferase / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase activity / selenocysteine incorporation / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #110 / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / L-seryl-tRNA selenium transferase-like / L-seryl-tRNA selenium transferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #110 / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / L-seryl-tRNA selenium transferase-like / L-seryl-tRNA selenium transferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
チオ硫酸塩 / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Itoh, Y. / Sekine, S. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Dimer-Dimer Interaction of the Bacterial Selenocysteine Synthase SelA Promotes Functional Active-Site Formation and Catalytic Specificity
著者: Itoh, Y. / Brocker, M.J. / Sekine, S. / Soll, D. / Yokoyama, S.
履歴
登録2013年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22014年4月30日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,7936
ポリマ－102,3452
非ポリマー4494
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9300 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area39790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.137, 144.137, 273.406
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / Selenocysteine synthase / Sec synthase / Selenocysteinyl-tRNA(Sec) synthase


分子量: 51172.387 Da / 分子数: 2 / 変異: K19A, K21A, K46A, K48A, T191Y, T192Y, D199R, Y220P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_1031, selA / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)
参照: UniProt: O67140, L-seryl-tRNASec selenium transferase
#2: 化合物
ChemComp-THJ / THIOSULFATE / チオ硫酸塩


分子量: 112.128 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM trisodium citrate-HCl, 580-590mM trisodium citrate, 100mM L-serine, 100mM Na2S2O3, pH 6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→50 Å / Num. all: 21159 / Num. obs: 21096 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 120.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.712 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique all: 2066 / Rsym value: 0.712 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W1I

3w1i


解像度: 3.35→47.321 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7957 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1062 5.05 %Random
Rwork0.1905 ---
obs0.1928 21028 99.25 %-
all-21182 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 473.48 Å2 / Biso mean: 151.3732 Å2 / Biso min: 70.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→47.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7035 0 20 0 7055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2739596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751107
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6362805
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.348-3.50040.3151240.26312435255999
3.5004-3.68490.30361360.23372454259099
3.6849-3.91570.27241370.225224632600100
3.9157-4.21780.23721390.183724602599100
4.2178-4.6420.23681280.155824852613100
4.642-5.31290.21731360.157125092645100
5.3129-6.69070.22711340.217825342668100
6.6907-47.32530.2281280.18552626275497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5741-0.27790.33043.0092-2.4923.87010.4750.29210.5193-1.02710.09340.3086-0.460.57720.1781.31640.0540.0091.0401-0.1461.6005-31.0538-22.3391-58.6616
22.0573-0.75160.24012.0061-0.520.116-0.2201-0.60520.1773-0.26410.25620.53940.15250.0436-0.05890.94790.2759-0.09671.1864-0.22031.2214-34.3344-41.1284-44.1774
32.3218-1.8637-1.8175.21481.15482.66840.0588-0.4261-0.1046-0.14540.01390.31370.189-0.4961-0.08380.6640.0163-0.02711.0730.07830.7811-19.0547-72.4196-43.4897
41.5225-0.9275-0.62723.003-0.10520.55690.0798-0.47340.1830.46430.17410.874-0.3113-0.7059-0.18870.99520.13880.1551.7728-0.01111.2192-37.9499-57.6619-32.0681
51.5458-1.5535-0.84895.4176-1.86292.970.3349-0.5973-0.3466-0.76780.42081.8887-0.1285-0.4781-0.46861.16580.2167-0.17881.97960.03981.8904-49.8008-50.711-41.8852
65.2791-0.0842-0.50326.5948-1.32243.78590.19080.2751-1.13490.90341.0272-0.57491.73490.9822-0.85511.73620.3876-0.26112.2278-0.53181.4089-15.2577-75.5903-9.7234
70.92381.82860.31362.16680.66352.0734-0.102-0.4712-0.25650.68760.2206-0.67780.27850.4174-0.211.18680.4-0.06571.8904-0.45341.2419-12.9711-54.8634-20.7013
84.2096-0.9394-1.57182.7076-0.30343.89360.1296-0.15760.9217-0.0903-0.1082-0.399-0.31560.34220.0340.84040.0351-0.02250.8703-0.10711.1035-6.9677-44.6341-54.021
90.9950.3468-0.17452.54780.14523.3141-0.0106-0.65870.68691.37010.0235-0.1762-0.53990.8959-0.08961.4821-0.0094-0.12681.6168-0.44411.3303-10.27-36.1099-29.9864
101.7471-0.4205-0.59933.6582-3.1654.48730.0864-0.58320.26591.446-0.0882-0.7858-0.46081.0809-0.06331.72910.1816-0.42041.9724-0.48331.52190.1422-41.8877-18.1363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 43 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 102 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 103 through 307 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 308 through 378 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 379 through 452 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 43 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 44 through 102 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 103 through 307 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 308 through 378 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 379 through 452 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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