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万見
- PDB-3wc2: Crystal structure of C. albicans tRNA(His) guanylyltransferase (T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wc2
タイトルCrystal structure of C. albicans tRNA(His) guanylyltransferase (Thg1) with a tRNA(Phe)(GUG)
要素
  • 76mer-tRNA
  • Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
キーワードTRANSFERASE/RNA / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性tRNA(His) guanylyltransferase (Thg1) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / RNA / RNA (> 10) / :
機能・相同性情報
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.641 Å
データ登録者Nakamura, A. / Nemoto, T. / Sonoda, T. / Yamashita, K. / Tanaka, I. / Yao, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis of reverse nucleotide polymerization
著者: Nakamura, A. / Nemoto, T. / Heinemann, I.U. / Yamashita, K. / Sonoda, T. / Komoda, K. / Tanaka, I. / Soll, D. / Yao, M.
履歴
登録2013年5月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
B: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
C: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
D: Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase
P: 76mer-tRNA
Q: 76mer-tRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,7806
ポリマ－179,7806
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16960 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area60890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.740, 96.740, 299.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
Likely histidyl tRNA-specific guanylyltransferase


分子量: 32689.248 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: CaO19.7063, CAWG_05412, orf19.7063, THG1 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5AFK5
#2: RNA鎖 76mer-tRNA


分子量: 24511.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Bis-Tris propan, CaCl2, PEG 3350, pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.64→48.711 Å / Num. obs: 18933 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 125.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 16.68
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.64-3.860.7141.22.0528390300629491.1898.1
3.86-4.130.8840.6893.6828310279327930.726100
4.13-4.450.960.397.0226260265526550.411100
4.45-4.870.9890.19612.8522468243124310.207100
4.87-5.440.9920.14517.0320686223422340.153100
5.44-6.270.9950.11521.1619851196419640.121100
6.27-7.650.9980.06932.3216449171717170.073100
7.65-10.690.9990.0447.6611244136313630.042100
10.690.9990.03260.0268818528270.03497.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WBZ

3wbz


解像度: 3.641→38.09 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7663 / SU ML: 0.53 / 位相誤差: 29.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2875 1333 7.04 %
Rwork0.2529 --
obs0.2552 18926 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 280.99 Å2 / Biso mean: 104.9006 Å2 / Biso min: 14.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.641→38.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8128 3146 0 0 11274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76116758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0934874
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.641-3.77140.34221170.33221670178797
3.7714-3.92230.34431500.321917121862100
3.9223-4.10060.32921350.309117321867100
4.1006-4.31650.3641230.294217361859100
4.3165-4.58650.28231260.261417661892100
4.5865-4.940.30391420.245717361878100
4.94-5.43580.27071170.254817621879100
5.4358-6.21950.3341300.265917901920100
6.2195-7.82470.25521580.265817681926100
7.8247-38.09220.24991350.207419212056100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0891-0.0755-0.09510.1550.0250.138-0.2152-0.2094-0.1208-0.19250.1868-0.22630.23510.18020.10010.06820.79030.5270.50520.0760.232852.3118-41.9598-16.7965
20.0793-0.0284-0.00410.0162-0.01540.0266-0.2831-0.0038-0.283-0.18350.0275-0.1170.18540.0083-0.09320.81810.35261.0460.0511-0.1080.402328.5425-60.8517-23.4225
30.0829-0.149-0.030.1458-0.10740.0429-0.26430.0527-0.0115-0.50940.08220.3095-0.1743-0.0011-0.16520.49230.0034-0.8521-0.10340.701-0.514823.1985-14.5501-42.0669
40.2233-0.0130.03390.1681-0.01110.0478-0.3356-0.21540.2229-0.27110.12020.194-0.1369-0.1039-0.1056-0.0146-0.1527-0.5903-0.1618-0.15030.52618.8533-18.5411-15.121
50.01980.03340.1080.2290.11660.15220.1665-0.52980.01950.3884-0.30390.22850.06680.1123-01.03810.42260.07041.48320.14111.564921.681-39.29549.9471
60.09610.07990.09070.08160.05910.1947-0.41880.4969-0.1756-0.35930.1501-0.6821-0.43670.6374-0.00562.26140.25320.20541.3784-0.04551.405939.713-40.5532-57.2493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA4 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB4 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC4 - 268
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD4 - 268
5X-RAY DIFFRACTION5chain PP1 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6chain QQ1 - 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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