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- PDB-3wbx: Crystal structure of Gox0644 at apoform -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wbx
タイトルCrystal structure of Gox0644 at apoform
要素Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldo-keto reductase (AKR) / reductase / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


2,5-didehydrogluconate reductase activity / small molecule metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 5C2 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 5C2 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Wang, C.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Gox0644 at apoform
著者: Yuan, Y.A. / Wang, C.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
B: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4916
ポリマ－64,1072
非ポリマー3844
水3,855214
1
A: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1492
ポリマ－32,0531
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3414
ポリマ－32,0531
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.879, 75.780, 125.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 9 - 279 / Label seq-ID: 12 - 282

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase


分子量: 32053.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
株: 621H / 遺伝子: GOX0644 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5FT75, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: PEG3350, LisSO4, Bis-tris, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 70 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射モノクロメーター: 360 degree collection, 1 degree oscillation
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 24390 / Num. obs: 24246 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.1 %
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 18.582 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.931 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29997 1084 5.1 %RANDOM
Rwork0.22412 ---
all0.23 20430 --
obs0.22786 20012 97.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.598 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å20 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3----1.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4366 0 20 214 4600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.9576068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6655540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.29523.929224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.21915794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1581538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.22092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.22975
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4621.52811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74324370
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1731930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8294.51698
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2183 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.430.5
medium thermal0.462
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 79 -
Rwork0.247 1469 -
obs--98.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9682-0.0501-0.01861.06810.31411.4304-0.0675-0.1117-0.09980.10230.060.030.0665-0.06250.0074-0.1004-0.0188-0.0142-0.1154-0.0046-0.125412.1442.98628.8691
20.6704-0.06890.27082.2167-0.11092.10110.0582-0.01740.00930.0568-0.05180.15370.06950.0673-0.0064-0.09990.00920.0152-0.04870.0135-0.102217.03732.251340.3566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 279
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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