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- PDB-3wan: Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3A_2-121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wan
タイトルCrystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3A_2-121
要素Autophagy-related protein 13, Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
キーワードPROTEIN BINDING / UBIQUITIN-LIKE FOLD / AUTOPHAGY
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to oxygen-glucose deprivation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / SMAD protein signal transduction / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylethanolamine binding / phagophore assembly site ...cellular response to oxygen-glucose deprivation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / SMAD protein signal transduction / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylethanolamine binding / phagophore assembly site / protein kinase regulator activity / cellular response to nitrogen starvation / response to iron(II) ion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / p38MAPK cascade / autolysosome / autophagosome membrane / autophagosome assembly / autophagosome maturation / mitophagy / JNK cascade / cellular response to copper ion / positive regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / autophagosome / protein serine/threonine kinase activator activity / cellular response to starvation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / macroautophagy / response to lead ion / phospholipid binding / cellular response to hydrogen peroxide / late endosome / microtubule binding / microtubule / negative regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / glutamatergic synapse / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 13 / HORMA domain superfamily / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 13 / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Suzuki, H. / Tabata, K. / Morita, E. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Dobson, R.C.J. / Yoshimori, T. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural basis of the autophagy-related LC3/Atg13 LIR complex: recognition and interaction mechanism.
著者: Suzuki, H. / Tabata, K. / Morita, E. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Dobson, R.C. / Yoshimori, T. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2013年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein 13, Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
B: Autophagy-related protein 13, Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6303
ポリマ－31,5122
非ポリマー1181
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.730, 47.880, 77.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Autophagy-related protein 13, Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A / Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light chain 3-like protein 1 / MAP1A/MAP1B light chain 3 A / MAP1A/MAP1B LC3 A / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha


分子量: 15755.913 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 436-447, 2-121 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FUSION PROTEIN OF AUTOPHAGY-RELATED GENE 13 LIR (RESIDUES 436-447), LINKER (GLY SER) AND MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEINS 1A/1B LIGHT CHAIN 3A (RESIDUES 2-121)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3A / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75143, UniProt: Q9H492
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 12% MPD, 0.1M Sodium chloride, 0.1M Sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→47.88 Å / Num. obs: 24414 / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.77→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 3447 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VTU

3vtu


解像度: 1.77→47.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.514 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22675 1244 5.1 %RANDOM
Rwork0.17367 ---
obs0.17643 23154 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.692 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å2-0.24 Å2
2---1.23 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2097 0 8 254 2359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022149
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1451.972897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4015252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.14723.964111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33415401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3471518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.773→1.819 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 76 -
Rwork0.233 1593 -
obs--93.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0452-0.0839-0.00520.19140.01720.0074-0.0172-0.00930.0024-0.00650.02790.005-0.00030.0087-0.01070.0399-0.0027-0.01640.0154-0.00270.0196-7.241-0.20281.6257
20.13810.0672-0.10530.3899-0.03010.0821-0.0034-0.0160.0238-0.0150.02520.0378-0.00160.0115-0.02180.02480.00370.00750.01810.01160.0176-11.374-1.396933.9319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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