PDB-3wam: Crystal structure of human LC3C_8-125

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wam

タイトル

Crystal structure of human LC3C_8-125

要素

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / UBIQUITIN-LIKE FOLD / AUTOPHAGY

機能・相同性

機能・相同性情報

protein exit from endoplasmic reticulum / aggrephagy / phosphatidylethanolamine binding / cellular response to nitrogen starvation / autophagy of mitochondrion / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Suzuki, H. / Tabata, K. / Morita, E. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Dobson, R.C.J. / Yoshimori, T. / Wakatsuki, S.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural basis of the autophagy-related LC3/Atg13 LIR complex: recognition and interaction mechanism.
著者: Suzuki, H. / Tabata, K. / Morita, E. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Dobson, R.C. / Yoshimori, T. / Wakatsuki, S.

履歴

登録	2013年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wam.cif.gz	65.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wam.ent.gz	48 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wam_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wam_full_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示
XML形式データ	3wam_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	3wam_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/3wam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/3wam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3walC 3wanC 3waoC 3wapC 3vtuS 3vtv 3vtw S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nve-d 5igf-d 2num-d 6xsf-d 2zpn-2 4uur-2 1o8v-d 2nvf-d 1rzy-d 2vx8-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C

ヘテロ分子

A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.720, 71.720, 55.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C / Autophagy-related protein LC3 C / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 C / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 C / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 C / MAP1 light chain 3-like protein 3 / MAP1A/MAP1B light chain 3 C / MAP1A/MAP1B LC3 C / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 gamma 分子量: 13952.190 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 8-125 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3C / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BXW4
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.5M di-Ammonium hydrogen citrate, 10% PEG 3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→27.83 Å / Num. obs: 16985 / % possible obs: 99.8 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 2430 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VTU

3vtu

解像度: 1.75→27.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 4.111 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21129	860	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17161	-	-	-
obs	0.17358	16082	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.672 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0.23 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	950	0	13	114	1077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.034	0.022	982
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.446	1.995	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.172	5	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.909	22.444	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.254	15	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.606	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.188	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	734
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.71	1.5	579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.828	2	947
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.545	3	403
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.232	4.5	378
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	60	-
R_work	0.244	1168	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -30.8184 Å / Origin y: 6.6729 Å / Origin z: 5.7213 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.078 Å²	-0.0046 Å²	0.0184 Å²	-	0.0216 Å²	0.0075 Å²	-	-	0.0285 Å²
L	0.1829 °²	0.0743 °²	0.0518 °²	-	1.0727 °²	-0.4205 °²	-	-	0.5402 °²
S	-0.0334 Å °	0.0201 Å °	0.0492 Å °	-0.0584 Å °	-0.0316 Å °	-0.0489 Å °	0.1238 Å °	0.0088 Å °	0.0651 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 414

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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