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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w9s | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the N-terminal Receiver domain of Response Regulator PmrA | ||||||
![]() | OmpR family response regulator in two-component regulatory system with BasS | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN/ANTIMICROBIAL PROTEIN / alpha and beta proteins / Rossmann fold topology / polymyxin b resistant protein A / response regulator / SIGNALING PROTEIN-ANTIMICROBIAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, C. / Luo, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of a Physical Blockage Mechanism for the Interaction of Response Regulator PmrA with Connector Protein PmrD from Klebsiella Pneumoniae 著者: Lou, S.C. / Lou, Y.C. / Rajasekaran, M. / Chang, Y.W. / Hsiao, C.D. / Chen, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1zesS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14757.827 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-123 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NTUH-K2044 / 遺伝子: KP1_1760 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM Imidazole, 1M sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月4日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97316 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→25.38 Å / Num. all: 38239 / Num. obs: 38222 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2.0205 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→30 Å / % possible all: 97.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ZES 解像度: 1.7→25.38 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→25.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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