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万見
- PDB-2pkx: E.coli response regulator PhoP receiver domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pkx
タイトルE.coli response regulator PhoP receiver domain
要素Transcriptional regulatory protein phoP
キーワードTRANSCRIPTIONAL REGULATOR / chey like fold / response regulator / transcription factor / PhoP / virulence / phob family
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulatory protein PhoP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Bachhawat, P.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of the Receiver Domain of the Response Regulator PhoP from Escherichia coli in the Absence and Presence of the Phosphoryl Analog Beryllofluoride.
著者: Bachhawat, P. / Stock, A.M.
履歴
登録2007年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年5月22日ID: 2EU6
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulatory protein phoP
B: Transcriptional regulatory protein phoP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0982
ポリマ－28,0982
非ポリマー00
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.645, 102.645, 62.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 75 / Label seq-ID: 2 - 75

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Assymetric unit contains Chains A and B which form a two-fold symmetric dimer, which is the biological unit

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulatory protein phoP


分子量: 14049.205 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal regulatory domain (residues 1-121) / 変異: G121Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: phoP / プラスミド: pEF31 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P23836
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: precipitant: Sodium thiocyanate, Peg3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.07217 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月20日 / 詳細: Spherical mirrors
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a sagitally focused second crystal. Crystal type Si(III)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07217 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. all: 13947 / Num. obs: 13785 / % possible obs: 98.84 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.96 % / Biso Wilson estimate: 57.9 Å2 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 13.51
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: activated ecoli PhoP receiver domain structure without alpha helix 4

解像度: 2.54→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 8.127 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.401 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25284 1239 9.9 %RANDOM
Rwork0.20555 ---
obs0.21029 11245 99.54 %-
all-11296 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.743 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20.3 Å20 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1885 0 0 42 1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0211915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8261.9592602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8415237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.31124.43397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.41415331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2791517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2650.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9951.51234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44821918
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2743772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5884.5684
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
292medium positional0.160.5
291loose positional0.475
292medium thermal0.82
291loose thermal1.6910
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.606 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 97 -
Rwork0.275 827 -
obs-827 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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