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- PDB-3w8h: Crystal structure of CCM3 in complex with the C-terminal regulato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w8h
タイトルCrystal structure of CCM3 in complex with the C-terminal regulatory domain of STK25
要素
  • Programmed cell death protein 10
  • Serine/threonine-protein kinase 25
キーワードPROTEIN BINDING/TRANSFERASE / PROTEIN BINDING-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / Golgi localization / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / endothelium development / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / positive regulation of intracellular protein transport / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis ...intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / Golgi localization / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / endothelium development / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / positive regulation of intracellular protein transport / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of axonogenesis / wound healing, spreading of cells / positive regulation of Notch signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of angiogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of MAP kinase activity / axonogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / angiogenesis / response to oxidative stress / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein stabilization / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine kinase 25, catalytic domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1950 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 ...Serine/threonine kinase 25, catalytic domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1950 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase 25 / Programmed cell death protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.426 Å
データ登録者Xu, X. / Wang, D.C. / Ding, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for the Unique Heterodimeric Assembly between Cerebral Cavernous Malformation 3 and Germinal Center Kinase III.
著者: Xu, X. / Wang, X. / Zhang, Y. / Wang, D.C. / Ding, J.
履歴
登録2013年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 10
B: Serine/threonine-protein kinase 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1779
ポリマ－33,5042
非ポリマー6727
水2,090116
1
A: Programmed cell death protein 10
B: Serine/threonine-protein kinase 25
ヘテロ分子

A: Programmed cell death protein 10
B: Serine/threonine-protein kinase 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,35318
ポリマ－67,0094
非ポリマー1,34514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area11250 Å2
ΔGint-298 kcal/mol
Surface area23750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.560, 68.560, 229.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-501-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 10 / Cerebral cavernous malformations 3 protein / TF-1 cell apoptosis-related protein 15


分子量: 24896.619 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 8-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCM3, PDCD10, TFAR15 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BUL8
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 25 / Ste20-like kinase / Sterile 20/oxidant stress-response kinase 1 / SOK-1 / Ste20/oxidant stress ...Ste20-like kinase / Sterile 20/oxidant stress-response kinase 1 / SOK-1 / Ste20/oxidant stress response kinase 1


分子量: 8607.665 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 355-426 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOK1, STK25, YSK1 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O00506, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.426→59.34 Å / Num. all: 12964 / Num. obs: 12822 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 26.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.43→2.56 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 1747 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AJM

3ajm


解像度: 2.426→41.238 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2644 622 4.89 %RANDOM
Rwork0.2092 ---
all0.2118 12903 --
obs0.2118 12731 98.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.785 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5317 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.5317 Å20 Å2
3----3.0634 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.426→41.238 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2055 0 35 116 2206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6842844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.018801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003359
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4261-2.67020.33141510.2384283696
2.6702-3.05640.27461520.2123296299
3.0564-3.85040.23921520.18963058100
3.8504-41.24360.24921670.21153253100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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