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- PDB-3w7a: Crystal Structure of azoreductase AzrC fin complex with sulfone-m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w7a
タイトルCrystal Structure of azoreductase AzrC fin complex with sulfone-modified azo dye Acid Red 88
要素FMN-dependent NADH-azoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / azoreductase / azo bond cleavage / FMN-binding / azoreductase-azoreductase substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / : / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / Chem-RE8 / FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yu, J. / Ogata, D. / Ooi, T. / Yao, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of AzrA and of AzrC complexed with substrate or inhibitor: insight into substrate specificity and catalytic mechanism.
著者: Yu, J. / Ogata, D. / Gai, Z. / Taguchi, S. / Tanaka, I. / Ooi, T. / Yao, M.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
B: FMN-dependent NADH-azoreductase
C: FMN-dependent NADH-azoreductase
D: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,41919
ポリマ－91,8034
非ポリマー3,61615
水4,179232
1
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
B: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6899
ポリマ－45,9022
非ポリマー1,7887
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
2
C: FMN-dependent NADH-azoreductase
D: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,72910
ポリマ－45,9022
非ポリマー1,8288
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.982, 56.618, 105.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
FMN-dependent NADH-azoreductase / Azo-dye reductase / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase


分子量: 22950.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus (バクテリア) / 株: B29 / 遺伝子: azrC, azoR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C0STY1, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する

-
非ポリマー , 5種, 247分子

#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-RE8 / 4-[(E)-(2-hydroxynaphthalen-1-yl)diazenyl]naphthalene-1-sulfonic acid / Acid red 88 / 4-(2-ヒドロキシ-1-ナフチルアゾ)-1-ナフタレンスルホン酸


分子量: 378.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14N2O4S
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.29 % / Mosaicity: 0.723 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 600, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 59046 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Χ2: 3.128 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.1840.49756281.735194.8
2.18-2.264.30.42656951.627196.9
2.26-2.374.60.39858641.422198.8
2.37-2.4950.35658761.633199.3
2.49-2.655.30.31459311.725199.8
2.65-2.855.60.26159892.051100
2.85-3.145.70.19559331.621100
3.14-3.595.70.14359731.7081100
3.59-4.525.70.11160092.231100
4.52-505.60.081614813.615199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W77

3w77


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.46 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2395 4149 7.1 %RANDOM
Rwork0.1986 ---
obs0.2015 58641 97.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.37 Å2 / Biso mean: 25.071 Å2 / Biso min: 7.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.02 Å20 Å2-1.04 Å2
2--2.79 Å20 Å2
3----1.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6440 0 239 232 6911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.026836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.9779320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8195836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36425.513312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.354151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0381516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215292
LS精密化 シェル解像度: 2.097→2.151 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 252 -
Rwork0.224 3134 -
all-3386 -
obs--79.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46250.0897-0.24360.2428-0.20790.55950.01150.0637-0.00680.0331-0.01420.0014-0.0404-0.00450.00270.0448-0.00790.00250.01420.00470.03338.0011-28.367230.7252
20.73330.2316-0.07890.1810.03510.22410.00980.1157-0.00470.0003-0.0215-0.0319-0.0212-0.03820.01170.0374-0.01240.00950.05540.01140.017155.8656-27.836813.8591
30.32230.11360.14620.28890.30250.63970.01510.04660.0230.0248-0.015-0.01490.01590.014-0.00010.0437-0.0032-0.00860.0159-0.00290.039312.55110.746529.9343
40.78530.1570.17360.3327-0.06180.3610.01630.1021-0.00180.0116-0.0309-0.00330.00660.01790.01470.0252-0.012700.0304-0.00070.0007-5.355-0.085913.175
512.3988-4.1134-1.16791.51680.71420.8565-0.16260.0072-0.3840.1096-0.03780.19120.2144-0.09080.20030.1779-0.02540.05390.0205-0.01880.091846.7474-42.547925.6865
68.5821-5.9317-0.78574.7636-0.81612.85550.2493-0.1068-0.0730.1405-0.00560.1652-0.69720.1321-0.24370.1791-0.04340.02950.04630.02540.088450.1651-13.657122.0608
715.23370.10594.16761.4115-0.85061.6893-0.2639-0.1180.1885-0.02230.057-0.2196-0.0639-0.05530.20690.07420.0044-0.03240.05140.02110.10323.804914.815824.6997
87.82611.53872.93536.30682.96952.05520.26310.1386-0.25360.2661-0.0412-0.27730.20520.0391-0.22180.15810.0093-0.03540.0307-0.01120.07430.7142-14.211321.2889
90.0367-0.77220.290117.4658-1.862226.23720.136-0.0287-0.0240.34990.9950.6232-0.7998-0.3768-1.13110.14940.1043-0.01380.18190.16560.41951.266117.464421.9682
1043.738624.988116.916517.18275.496112.73660.79310.0495-0.4101-0.2626-0.20680.12281.190.4853-0.58630.29830.098-0.02590.1724-0.09220.258949.5453-45.632523.6174
1119.9237-6.5186.642530.7844-1.09182.259-0.9649-0.1381-1.29080.60231.33260.2517-0.29930.0302-0.36770.49580.17280.06870.34670.18020.24233.3997-17.095623.5476
1233.6199-10.63587.759845.2621-11.87423.9087-0.7427-0.57082.03960.30190.35270.1684-0.2056-0.15020.390.45920.12780.12230.1229-0.06750.282247.7674-10.653824.6724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 211
5X-RAY DIFFRACTION5A301
6X-RAY DIFFRACTION6B301
7X-RAY DIFFRACTION7C301
8X-RAY DIFFRACTION8D301
9X-RAY DIFFRACTION9C302
10X-RAY DIFFRACTION10A302
11X-RAY DIFFRACTION11C303
12X-RAY DIFFRACTION12A303

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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