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万見
- PDB-3w6g: Structure of peroxiredoxin from anaerobic hyperthermophilic archa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w6g
タイトルStructure of peroxiredoxin from anaerobic hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii
要素Probable peroxiredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reduction / hydrogen peroxide / water
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cellular response to oxygen levels / cellular response to stress / antioxidant activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / Peroxiredoxin, TDXH subfamily / 1-Cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family ...Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / Peroxiredoxin, TDXH subfamily / 1-Cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Peroxiredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Nakamura, T. / Mori, A. / Niiyama, M. / Matsumura, H. / Tokuyama, C. / Morita, J. / Uegaki, K. / Inoue, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of peroxiredoxin from the anaerobic hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii
著者: Nakamura, T. / Mori, A. / Niiyama, M. / Matsumura, H. / Tokuyama, C. / Morita, J. / Uegaki, K. / Inoue, T.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable peroxiredoxin
B: Probable peroxiredoxin
C: Probable peroxiredoxin
D: Probable peroxiredoxin
E: Probable peroxiredoxin
F: Probable peroxiredoxin
G: Probable peroxiredoxin
H: Probable peroxiredoxin
I: Probable peroxiredoxin
J: Probable peroxiredoxin
K: Probable peroxiredoxin
L: Probable peroxiredoxin
M: Probable peroxiredoxin
N: Probable peroxiredoxin
O: Probable peroxiredoxin
P: Probable peroxiredoxin
Q: Probable peroxiredoxin
R: Probable peroxiredoxin
S: Probable peroxiredoxin
T: Probable peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)499,59640
ポリマ－495,81420
非ポリマー3,78220
水18,4831026
1
A: Probable peroxiredoxin
B: Probable peroxiredoxin
C: Probable peroxiredoxin
D: Probable peroxiredoxin
E: Probable peroxiredoxin
F: Probable peroxiredoxin
G: Probable peroxiredoxin
H: Probable peroxiredoxin
I: Probable peroxiredoxin
J: Probable peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,79820
ポリマ－247,90710
非ポリマー1,89110
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44720 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area71860 Å2
手法PISA
2
K: Probable peroxiredoxin
L: Probable peroxiredoxin
M: Probable peroxiredoxin
N: Probable peroxiredoxin
O: Probable peroxiredoxin
P: Probable peroxiredoxin
Q: Probable peroxiredoxin
R: Probable peroxiredoxin
S: Probable peroxiredoxin
T: Probable peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,79820
ポリマ－247,90710
非ポリマー1,89110
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44780 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area70840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.354, 94.733, 228.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Probable peroxiredoxin


分子量: 24790.695 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH1217 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58966, peroxiredoxin
#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1026 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.1 M Na-citrate, 20% PEG 3350, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月9日
放射モノクロメーター: douvle-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 245717 / Num. obs: 233950 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 21838 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→43.57 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.237 11674 Random
Rwork0.198 --
obs0.198 233921 -
all-245717 -
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å2-0.19 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→43.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34640 0 260 1026 35926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.006
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 1758 -
Rwork0.232 --
obs-34049 87.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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