PDB-3w6e: Crystal structure of catalytic domain of chitinase from Ralstonia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w6e

タイトル

Crystal structure of catalytic domain of chitinase from Ralstonia sp. A-471 (E162Q)

要素

Lysozyme-like chitinolytic enzyme

キーワード

HYDROLASE / GH family 23 / enzyme / Glycoside hydrolase / chitinase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Arimori, T. / Kawamoto, N. / Okazaki, N. / Nakazawa, M. / Miyatake, K. / Fukamizo, T. / Ueda, M. / Tamada, T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of the Catalytic Domain of a Novel Glycohydrolase Family 23 Chitinase from Ralstonia sp. A-471 Reveals a Unique Arrangement of the Catalytic Residues for Inverting Chitin Hydrolysis
著者: Arimori, T. / Kawamoto, N. / Shinya, S. / Okazaki, N. / Nakazawa, M. / Miyatake, K. / Fukamizo, T. / Ueda, M. / Tamada, T.

履歴

登録	2013年2月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w6e.cif.gz	255.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w6e.ent.gz	207.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w6e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3w6e_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3w6e_full_validation.pdf.gz	474.9 KB	表示
XML形式データ	3w6e_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	3w6e_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/3w6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/3w6e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w6bSC 3w6cC 3w6dC 3w6fC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3w6b-1 4uzv-d 5opz-2 3hcz-d 3vu0-2 7bf6-2 3nec-4 3vgp-d 4d70-2 6f1s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lysozyme-like chitinolytic enzyme

B: Lysozyme-like chitinolytic enzyme

C: Lysozyme-like chitinolytic enzyme

D: Lysozyme-like chitinolytic enzyme

ヘテロ分子

82.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysozyme-like chitinolytic enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysozyme-like chitinolytic enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysozyme-like chitinolytic enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysozyme-like chitinolytic enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.913, 99.913, 241.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Lysozyme-like chitinolytic enzyme 分子量: 20335.465 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain, UNP residues 89-252 / 変異: E162Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia (バクテリア) / 株: A-471 / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: B7XCV4, chitinase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.41 % / Mosaicity: 0.292 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 11.1% (w/v) PEG 3350, 1.8% (v/v) isopropanol, 44.4mM CaCl2, 44.4mM HEPES (pH7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月19日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 39762 / Num. obs: 39695 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.4 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Χ²: 1.505 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.19	13.6	0.371	1949	0.93	1	99.8
2.19-2.23	13.8	0.355	1939	0.944	1	99.9
2.23-2.27	13.9	0.335	1950	0.966	1	100
2.27-2.32	14.6	0.308	1915	1.015	1	100
2.32-2.37	14.8	0.289	1943	1.043	1	100
2.37-2.42	15	0.269	1945	1.037	1	99.9
2.42-2.48	15.3	0.252	1947	1.08	1	99.9
2.48-2.55	15.9	0.219	1960	1.136	1	99.9
2.55-2.62	16.1	0.203	1965	1.218	1	99.9
2.62-2.71	16.5	0.175	1963	1.247	1	99.8
2.71-2.81	16.7	0.163	1938	1.309	1	99.9
2.81-2.92	17.2	0.139	1963	1.395	1	99.9
2.92-3.05	17.4	0.124	1977	1.479	1	99.8
3.05-3.21	17.7	0.109	1984	1.611	1	99.9
3.21-3.41	18.2	0.093	1987	1.776	1	99.8
3.41-3.68	18.4	0.08	2009	1.924	1	100
3.68-4.05	18.7	0.067	2001	2.172	1	99.9
4.05-4.63	18.7	0.06	2038	2.253	1	99.8
4.63-5.83	18.4	0.06	2079	2.169	1	99.7
5.83-50	16.8	0.054	2243	2.267	1	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W6B

3w6b

解像度: 2.15→48.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / WR_factor R_free: 0.203 / WR_factor R_work: 0.171 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.312 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2187	1980	5 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.1886	39426	99.35 %	-
all	-	39762	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.32 Å² / B_iso mean: 23.6967 Å² / B_iso min: 7.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4778	0	53	245	5076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	4966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.981	1.954	6739
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.82	5	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.973	23.761	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.574	15	723
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.863	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.34	1.5	3022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.659	2	4792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.941	3	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.539	4.5	1947

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.149-2.205	0.277	140	0.23	2673	2859	98.391
2.205-2.265	0.289	131	0.223	2657	2809	99.252
2.265-2.33	0.232	142	0.203	2567	2725	99.413
2.33-2.402	0.222	138	0.2	2488	2639	99.507
2.402-2.481	0.252	135	0.208	2398	2553	99.217
2.481-2.567	0.208	118	0.187	2379	2514	99.324
2.567-2.664	0.218	113	0.196	2263	2390	99.414
2.664-2.773	0.218	134	0.192	2185	2337	99.23
2.773-2.895	0.281	138	0.2	2066	2214	99.548
2.895-3.036	0.225	92	0.192	2059	2159	99.629
3.036-3.2	0.243	89	0.195	1925	2035	98.968
3.2-3.393	0.205	87	0.187	1843	1936	99.69
3.393-3.626	0.204	98	0.18	1728	1837	99.401
3.626-3.915	0.177	83	0.165	1628	1720	99.477
3.915-4.286	0.17	84	0.157	1501	1590	99.686
4.286-4.787	0.203	81	0.158	1375	1459	99.794
4.787-5.519	0.183	58	0.169	1236	1302	99.386
5.519-6.737	0.225	49	0.195	1072	1126	99.556
6.737-9.439	0.222	45	0.171	855	901	99.889
9.439-48.918	0.21	25	0.204	548	579	98.964

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5069	0.1023	-0.2449	0.7545	0.4509	0.6574	0.0242	-0.0384	0.0728	0.1041	-0.0832	0.0884	0.0698	0.0431	0.059	0.1224	-0.0217	0.0407	0.0358	-0.0665	0.1134	-9.905	9.4	11.347
2	0.7095	-0.0197	0.1356	2.5551	1.457	0.9333	0.0153	0.0679	0.0236	-0.086	-0.1926	0.2557	0.0545	-0.0207	0.1773	0.1021	-0.0047	-0.0557	0.0409	-0.0553	0.103	11.759	29.129	-0.515
3	1.4655	0.6561	-0.7681	2.0543	-0.5121	0.3649	0.0409	0.1898	0.0661	0.0187	0.0676	0.1228	0.0168	-0.0622	-0.1085	0.1135	-0.0134	0.0365	0.0249	0.0203	0.0883	-34.062	24.901	-0.864
4	0.9829	0.3934	0.6735	0.2624	0.6127	2.3584	0.0457	0.05	-0.0088	0.0275	0.0701	0.053	0.1364	0.1865	-0.1159	0.072	0.0339	-0.0332	0.0636	-0.0166	0.0707	28.018	37.959	23.235

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	95 - 252
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	103 - 253
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	103 - 253
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	102 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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