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万見
- PDB-3w5x: MamM-CTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w5x
タイトルMamM-CTD
要素Magnetosome protein MamM
キーワードMETAL TRANSPORT / cation diffusion facilitator / CDF / divalent cation transport / metal ion transport
機能・相同性
機能・相同性情報


magnetosome membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / iron ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Dimerisation domain of Zinc Transporter / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family / Alpha-Beta Plaits ...Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Dimerisation domain of Zinc Transporter / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Magnetosome protein MamM / Magnetosome protein MamM
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zeytuni, N. / Davidov, G. / Zarivach, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Cation diffusion facilitators transport initiation and regulation is mediated by cation induced conformational changes of the cytoplasmic domain
著者: Zeytuni, N. / Uebe, R. / Maes, M. / Davidov, G. / Baram, M. / Raschdorf, O. / Nadav-Tsubery, M. / Kolusheva, S. / Bitton, R. / Goobes, G. / Friedler, A. / Miller, Y. / Schuler, D. / Zarivach, R.
履歴
登録2013年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnetosome protein MamM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1994
ポリマ－11,9101
非ポリマー2883
水1,47782
1
A: Magnetosome protein MamM
ヘテロ分子

A: Magnetosome protein MamM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3978
ポリマ－23,8212
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area730 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.882, 94.559, 53.542
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Magnetosome protein MamM / Magnetosome protein MamM / Cation efflux protein family / MamM protein


分子量: 11910.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 215-318 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
株: MSR-1 / 遺伝子: mamM, mgI491, MGR_4095 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta / 参照: UniProt: Q6NE57, UniProt: V6F235*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.24 % / Mosaicity: 0.499 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 4000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium acetate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 日付: 2011年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 12559 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 2.342 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.634.90.485141.565183.4
1.63-1.666.10.4386191.5641100
1.66-1.696.40.3666431.7021100
1.69-1.726.40.326201.7911100
1.72-1.766.40.2366361.6721100
1.76-1.86.50.2046271.6571100
1.8-1.856.40.176361.6841100
1.85-1.96.40.1316151.8891100
1.9-1.956.30.1196362.652199.8
1.95-2.026.40.0916321.9131100
2.02-2.096.30.0816392.3551100
2.09-2.176.40.0656362.1391100
2.17-2.276.20.0646272.6141100
2.27-2.396.40.0536452.1911100
2.39-2.546.40.0526392.476199.5
2.54-2.746.20.0546413.101199.8
2.74-3.015.90.0556453.783199.4
3.01-3.455.50.056513.914199.7
3.45-4.345.40.0466493.715197.2
4.34-505.10.0396092.873185.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BYP

3byp


解像度: 1.6→47.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.2043 / WRfactor Rwork: 0.1747 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.8773 / SU B: 2.936 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.0806 / SU Rfree: 0.0849 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 613 4.9 %RANDOM
Rwork0.1695 ---
obs0.1714 12499 98.48 %-
all-12559 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.47 Å2 / Biso mean: 25.5978 Å2 / Biso min: 12.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数619 0 15 82 716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.021680
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1491.941930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08831106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.741591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.87123.05636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.71515119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.102159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5511.5414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.531.5168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6512673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3553266
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.174.5251
LS精密化 シェル解像度: 1.602→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 45 -
Rwork0.283 862 -
all-907 -
obs--98.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0564-0.69370.66450.38280.91472.1449-0.00880.06460.0690.22170.1164-0.14240.09980.1617-0.10760.04940.0062-0.01450.0764-0.03370.04394.354720.91687.5507
20.62870.1714-1.17131.90680.37363.060.0247-0.02410.11850.37210.1569-0.08650.29440.3781-0.18160.09110.0567-0.05060.0586-0.02540.0354.95977.97580.0932
36.0037-6.5435-3.43837.29261.49791.55610.56470.10770.3977-0.5379-0.245-0.3851-0.149-0.0399-0.31970.0333-0.00020.03720.0615-0.050.13052.822724.6117-3.354
45.0098-2.6383-0.61542.08530.65610.639-0.0224-0.19460.1755-0.05080.0922-0.0740.0377-0.0158-0.06990.0175-0.0055-0.00050.0642-0.03180.0856-4.531829.28384.3504
5-0.123-0.83090.28231.85840.62890.97240.1114-0.02550.031-0.08690.03780.05840.08250.053-0.14920.0470.0197-0.02850.0521-0.0370.07632.048710.4699-6.2238
6-2.1034-0.8875-1.00893.40023.63627.81420.04420.04180.2710.0446-0.16420.06090.4709-0.3080.120.1194-0.0298-0.0580.011-0.01320.0558-4.18841.9847-9.5189
7-0.49170.2382-0.27434.3113.11572.41820.0528-0.06730.07260.071-0.09410.17540.2338-0.17250.04130.0779-0.0317-0.02320.0564-0.02170.069-5.50829.53870
8-0.8251-0.63650.48853.751-1.70432.97050.04340.06310.02370.2594-0.04580.25410.139-0.11490.00240.0439-0.00670.00290.0825-0.03360.0552-5.660219.97037.0718
9-0.9632-0.95760.8165.51792.49950.64190.1090.20390.1727-0.0073-0.0967-0.14120.1175-0.0046-0.01230.04830.0382-0.00990.0762-0.01650.0682.572311.8249-7.6526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A212 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2A225 - 236
3X-RAY DIFFRACTION3A237 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4A241 - 246
5X-RAY DIFFRACTION5A247 - 258
6X-RAY DIFFRACTION6A259 - 264
7X-RAY DIFFRACTION7A265 - 276
8X-RAY DIFFRACTION8A277 - 283
9X-RAY DIFFRACTION9A284 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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