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万見
- PDB-3w5b: Crystal structure of the recombinant SERCA1a (calcium pump of fas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w5b
タイトルCrystal structure of the recombinant SERCA1a (calcium pump of fast twitch skeletal muscle) in the E1.Mg2+ state
要素SERCA1a
キーワードMETAL TRANSPORT / P-TYPE ATPASE / HYDROLASE / CALCIUM TRANSPORT / CALCIUM BINDING / ATP BINDING / ENDOPLASMIC RETICULUM / SARCOPLASMIC RETICULUM / RECOMBINANT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-TM1 / Calcium-transporting ATPase / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Toyoshima, C. / Iwasawa, S. / Ogawa, H. / Hirata, A. / Tsueda, J. / Inesi, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of the calcium pump and sarcolipin in the Mg2+-bound E1 state.
著者: Toyoshima, C. / Iwasawa, S. / Ogawa, H. / Hirata, A. / Tsueda, J. / Inesi, G.
履歴
登録2013年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERCA1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7409
ポリマ－110,1741
非ポリマー3,5668
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.787, 55.293, 178.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SERCA1a / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1


分子量: 110174.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): COS-7 / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: B6CAM1, UniProt: P04191*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 15分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TM1 / 2',3'-O-[(1r)-2,4,6-trinitrocyclohexa-2,5-diene-1,1-diyl]adenosine 5'-(dihydrogen phosphate)


分子量: 558.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N8O13P
#5: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.6 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 33166 / Num. obs: 32602 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.29 Å / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.611 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
CNS精密化
REFMAC5.6.0117精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 74.988 / SU ML: 0.63 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.542 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29786 1337 5 %RANDOM
Rwork0.26754 ---
obs0.26909 25290 98.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 153.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7689 0 117 7 7813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0197946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.98810781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4955996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.67124.357319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.169151384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0431548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.279 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.475 90 -
Rwork0.468 1637 -
obs--95.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70250.3942-0.89380.3754-0.18942.08160.05150.3070.16250.1297-0.24060.2141-0.5686-1.28970.18911.7380.0906-0.07031.69440.11470.569552.893-1.547431.9569
21.41270.3267-1.57010.8715-2.47187.54080.1432-0.00660.08440.27980.63970.2117-0.2512-1.7355-0.78291.7408-0.076-0.32640.59090.14550.320873.3793-11.352636.7264
38.256-1.38435.14390.2574-1.047.65880.0008-0.1408-0.09480.03060.10020.05990.6923-0.2277-0.1011.8342-0.0885-0.28090.33940.10860.489488.7117-37.428466.6058
42.9759-1.78581.28993.71350.54253.5803-0.3577-1.2649-0.54080.41260.88360.62630.5667-2.0163-0.52591.5551-0.0952-0.02651.56550.59670.441173.2767-33.609372.1751
54.0751-2.55190.5665.53331.5911.4713-0.19340.054-0.02530.44820.467-0.2647-0.7846-0.01-0.27361.50480.1604-0.26380.4199-0.02880.322393.6662-27.064474.467
64.41930.95122.65950.39020.08063.24240.1573-0.92140.5058-0.03430.07820.2736-0.1509-1.1552-0.23551.87450.371-0.10340.82350.00250.563280.3551-21.348178.6331
71.1219-0.79561.23223.32650.61223.185-0.39340.23890.21610.27150.1959-0.30560.04910.26780.19751.6249-0.0204-0.22150.4577-0.00840.370691.2872-12.17650.742
83.11060.28680.93830.8566-1.62583.9198-0.10470.12450.07560.26930.3650.1203-0.559-0.5091-0.26031.66760.0557-0.17140.51390.13290.344676.5578-7.174147.6357
91.7874-0.41280.82661.7911-1.14595.36450.32380.83270.0549-0.2409-0.25820.12660.5442-0.2235-0.06551.64010.0009-0.14341.07330.1310.171774.3967-4.9840.732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 314
2X-RAY DIFFRACTION2A315 - 358
3X-RAY DIFFRACTION3A359 - 400
4X-RAY DIFFRACTION4A401 - 517
5X-RAY DIFFRACTION5A518 - 557
6X-RAY DIFFRACTION6A558 - 601
7X-RAY DIFFRACTION7A602 - 679
8X-RAY DIFFRACTION8A680 - 747
9X-RAY DIFFRACTION9A748 - 994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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