PDB-3w44: Crystal structure of RsbX, selenomethionine derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w44

タイトル

Crystal structure of RsbX, selenomethionine derivative

要素

Phosphoserine phosphatase RsbX

キーワード

HYDROLASE / Signaling protein / Gene Expression Regulation / Stressosome / Environmental stress / Phosphoric Monoester Hydrolases / Dephosphorylation / Protein Structure / Tertiary / phosphatase / Hydrolase Protein phosphatase / magnesium/manganese binding

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / response to heat
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Teh, A.H. / Makino, M. / Baba, S. / Shimizu, N. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of the RsbX phosphatase involved in the general stress response of Bacillus subtilis
著者: Teh, A.H. / Makino, M. / Hoshino, T. / Baba, S. / Shimizu, N. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T.

履歴

登録	2013年1月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w44.cif.gz	174.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w44.ent.gz	147.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3w44_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3w44_full_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示
XML形式データ	3w44_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	3w44_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/3w44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/3w44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w40C 3w41C 3w42C 3w43C 3w45C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hjv-4 3w43-d 3w45-2 3w40-2 3nej-2 3w42-1 1kly-d 3w42-2 3kts-6 1vlw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoserine phosphatase RsbX

B: Phosphoserine phosphatase RsbX

ヘテロ分子

45 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Phosphoserine phosphatase RsbX

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoserine phosphatase RsbX

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.610, 85.610, 103.983
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	93
Space group name H-M	P4₂22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 199
2	1	1	5	B	1 - 199

#1: タンパク質	Phosphoserine phosphatase RsbX / Sigma-B negative effector 分子量: 22359.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU04740, rsbX / プラスミド: pTYB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P17906, phosphoserine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 27% PEG 4000, 90mM Tris-HCl, 0.18M MgCl2, 0.12M MnCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月6日 / 詳細: Toroidal Mirror

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Χ²: 0.97 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.17	50	1	0.053	1.142	13.1
4.1	5.17	1	0.048	0.91	14.2
3.58	4.1	1	0.057	0.847	14.4
3.26	3.58	1	0.072	0.864	14.5
3.02	3.26	1	0.098	0.984	14.6
2.85	3.02	1	0.156	1.033	14.7
2.7	2.85	1	0.195	1.02	14.7
2.59	2.7	1	0.256	0.988	14.7
2.49	2.59	1	0.356	0.967	14.6
2.4	2.49	1	0.412	0.98	13.8

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 19928 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 13.64

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / R_sym value: 0.422 / % possible all: 87.4

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 13881

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
7.94-100	23.8	0.848	503
6.23-7.94	24.3	0.886	507
5.4-6.23	21.3	0.913	503
4.88-5.4	18.7	0.926	508
4.51-4.88	19.4	0.929	510
4.24-4.51	17.4	0.926	505
4.01-4.24	16.1	0.932	505
3.83-4.01	17.1	0.917	504
3.68-3.83	16.3	0.924	506
3.54-3.68	16.7	0.925	505
3.43-3.54	16.4	0.926	517
3.32-3.43	17.9	0.934	521
3.23-3.32	19.8	0.928	538
3.14-3.23	22.9	0.928	546
3.06-3.14	20	0.933	564
2.98-3.06	22.6	0.912	585
2.91-2.98	23.8	0.911	586
2.85-2.91	22.3	0.906	600
2.79-2.85	26.1	0.898	616
2.73-2.79	24.2	0.887	630
2.68-2.73	23.8	0.903	617
2.63-2.68	27.7	0.9	657
2.58-2.63	31	0.852	665
2.5-2.58	33.8	0.824	1183

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE	2.13	位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BSS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 16.095 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.4487 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.449 / ESU R Free: 0.253
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24036	897	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18783	-	-	-
obs	0.19052	16847	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.917 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3108	0	11	254	3373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.903	1.967	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.659	5	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.246	25.379	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.52	15	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.096	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.114	1.5	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.222	2	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.791	3	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.29	4.5	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
792	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
739	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
792	MEDIUM THERMAL	2.05	2
739	LOOSE THERMAL	2.87	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	76	-
R_work	0.21	1193	-
obs	-	-	99.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 22.4699 Å / Origin y: 21.5636 Å / Origin z: 52.0045 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0101 Å²	-0.0063 Å²	0.0118 Å²	-	0.0078 Å²	-0.0037 Å²	-	-	0.0489 Å²
L	0.279 °²	0.0202 °²	0.3384 °²	-	0.3575 °²	-0.3231 °²	-	-	2.0365 °²
S	-0.0004 Å °	0.0071 Å °	0.0006 Å °	-0.0079 Å °	0.0401 Å °	0.002 Å °	0.093 Å °	-0.0867 Å °	-0.0397 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 199
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 199

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