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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w3x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Kap121p bound to Pho4p | ||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT/TRANSCRIPTION / HEAT repeat / nuclear import / PROTEIN TRANSPORT-TRANSCRIPTION complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of phosphate metabolic process / regulation of protein desumoylation / cellular response to phosphate starvation / nuclear import signal receptor activity / regulation of mitotic nuclear division / nuclear localization sequence binding / mRNA export from nucleus / protein import into nucleus / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity ...positive regulation of phosphate metabolic process / regulation of protein desumoylation / cellular response to phosphate starvation / nuclear import signal receptor activity / regulation of mitotic nuclear division / nuclear localization sequence binding / mRNA export from nucleus / protein import into nucleus / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kobayashi, J. / Matsuura, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for cell-cycle-dependent nuclear import mediated by the karyopherin Kap121p. 著者: Kobayashi, J. / Matsuura, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 119912.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSE1, KAP121, YMR308C, YM9952.10C / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2938.281 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 140-166 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG 20000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→29.97 Å / Num. all: 28698 / Num. obs: 28382 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / % possible all: 96.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3W3T 解像度: 2.9→29.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 18.531 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.43 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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