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- PDB-4zj7: Crystal structure of the karyopherin Kap121p bound to the extreme... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zj7 | ||||||
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Title | Crystal structure of the karyopherin Kap121p bound to the extreme C-terminus of the protein phosphatase Cdc14p | ||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN TRANSPORT/HYDROLASE / karyopherin / PROTEIN TRANSPORT-HYDROLASE complex | ||||||
Function / homology | ![]() RENT complex / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring assembly / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / meiotic spindle disassembly / regulation of protein desumoylation / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of autophagosome assembly / autophagy of mitochondrion / regulation of exit from mitosis / rDNA heterochromatin formation ...RENT complex / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring assembly / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / meiotic spindle disassembly / regulation of protein desumoylation / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of autophagosome assembly / autophagy of mitochondrion / regulation of exit from mitosis / rDNA heterochromatin formation / cellular bud neck / spindle pole body / cellular response to osmotic stress / nuclear import signal receptor activity / regulation of mitotic nuclear division / nuclear localization sequence binding / protein serine/threonine phosphatase activity / MAPK6/MAPK4 signaling / positive regulation of cytokinesis / phosphoprotein phosphatase activity / mRNA export from nucleus / dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / chromosome segregation / mitotic spindle / spindle pole / microtubule cytoskeleton organization / protein import into nucleus / mitotic cell cycle / cell division / nucleolus / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kobayashi, J. / Hirano, H. / Matsuura, Y. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of the karyopherin Kap121p bound to the extreme C-terminus of the protein phosphatase Cdc14p Authors: Kobayashi, J. / Hirano, H. / Matsuura, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 413.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 333.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 449.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 50.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3w3xS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 119912.352 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: residues 80-90 deleted Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: PSE1, KAP121, YMR308C, YM9952.10C / Plasmid: pGEX-TEV / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein/peptide | Mass: 3831.567 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 517-551 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CDC14, OAF3, YFR028C / Plasmid: pET30a-TEV / Production host: ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.2 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: PEG 20000, 2-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Dec 14, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→26.36 Å / Num. obs: 51446 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 46.72 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 220860 / Scaling rejects: 65 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3W3X Resolution: 2.4→25.814 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.93 / Stereochemistry target values: ML Details: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 145.85 Å2 / Biso mean: 66.3712 Å2 / Biso min: 21.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→25.814 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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