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- PDB-3w3d: Crystal structure of smooth muscle G actin DNase I complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w3d
タイトルCrystal structure of smooth muscle G actin DNase I complex
要素
  • Actin, gamma-enteric smooth muscle
  • Deoxyribonuclease-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / smooth muscle actin / actin / DNase I / G-actin / ATP Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / zymogen granule / Smooth Muscle Contraction / regulation of acute inflammatory response / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / neutrophil activation involved in immune response / DNA catabolic process / cell periphery / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / zymogen granule / Smooth Muscle Contraction / regulation of acute inflammatory response / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / neutrophil activation involved in immune response / DNA catabolic process / cell periphery / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear envelope / actin cytoskeleton / actin binding / hydrolase activity / apoptotic process / DNA binding / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I, active site / Deoxyribonuclease I, conservied site / Deoxyribonuclease I signature 2. / Deoxyribonuclease I signature 1. / deoxyribonuclease I / Actin; Chain A, domain 2 / Actin; Chain A, domain 2 / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase ...Deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I, active site / Deoxyribonuclease I, conservied site / Deoxyribonuclease I signature 2. / Deoxyribonuclease I signature 1. / deoxyribonuclease I / Actin; Chain A, domain 2 / Actin; Chain A, domain 2 / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / 4-Layer Sandwich / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Deoxyribonuclease-1 / Actin, gamma-enteric smooth muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sakabe, N. / Sakabe, K. / Sasaki, K. / Kondo, H. / Shimomur, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1993
タイトル: Refined structure and solvent network of chicken gizzard G-actin DNase 1 complex at 1.8A resolution
著者: Sasaki, K. / Sakabe, K. / Sakabe, N. / Kondo, H. / Shimomur, M.
#1: ジャーナル: Nucl Instrum Methods Phys Res A / 年: 1991
タイトル: X-ray diffraction data collection system for modern protein crystallography with a Weissenberg camera and an imaging plate using synchrotron radiation
著者: Sakabe, N.
#2: ジャーナル: J.Biochem. / 年: 1984
タイトル: X-ray diffraction photographs of chicken gizzard G-actin.DNase I complex crystals taken with synchrotron radiation.
著者: Sakabe, N. / Kamiya, N. / Sakabe, K. / Kondo, H.
#3: ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 1983
タイトル: A F ocusing Weissenberg Camera with Multi-Layer-Line Screens for Macromolecular C rystallography
著者: Sakabe, N.
#4: ジャーナル: J.Biochem. / 年: 1983
タイトル: Crystallographic studies of the chicken gizzard G-actin X DNase I complex at 5A resolution
著者: Sakabe, N. / Sakabe, K. / Sasaki, K. / Kondo, H. / Ema, T. / Kamiya, N. / Matsushima, M.
#5: ジャーナル: J.Biochem. / 年: 1979
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic data of chicken gizzard G-actin . DNase I complex and Physarum G-actin . DNase I complex
著者: Sugino, H. / Sakabe, N. / Sakabe, K. / Hatano, S. / Oosawa, F. / Mikawa, T. / Ebashi, S.
#6: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1979
タイトル: The amino acid sequence of actin from chicken skeletal muscle actin and chicken gizzard smooth muscle actin
著者: Vandekerckhove, J. / Weber, K.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, gamma-enteric smooth muscle
B: Deoxyribonuclease-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6486
ポリマ－70,8252
非ポリマー1,8224
水6,900383
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area26870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.000, 225.300, 77.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Actin, gamma-enteric smooth muscle / Alpha-actin-3 / Gamma-2-actin / Smooth muscle gamma-actin


分子量: 41732.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gizzard / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P63270
#2: タンパク質 Deoxyribonuclease-1 / Deoxyribonuclease I / DNase I


分子量: 29092.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pancreas / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00639, deoxyribonuclease I

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糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-3[DManpb1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-3-3-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d6-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 386分子

#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化温度: 300 K / 手法: precipitation / pH: 6.6
詳細: 4mM MgCl2, 0.1mM CaCl2, NaN3, PEG 6000, pH 6.6, precipitation , temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Macromolecular data collection system with a Weissenberg camera
検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1991年2月15日
詳細: The vertically focusing1m long bent mirror of fused silica is 11.5m from the SR source point and 4.6m from the focus point
放射モノクロメーター: A bent triangularly and asymmetrically cut Si(111) crystal is used to focus the beam horizontally and produces monochromatic beams
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→10 Å / Num. obs: 53428 / Biso Wilson estimate: 23.05 Å2

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解析

ソフトウェア
名称分類
WEISデータスケーリング
BSSデータ収集
X-PLOR精密化
WEISデータ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→10 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.196 -
obs-53428
原子変位パラメータBiso mean: 31.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4973 0 116 383 5472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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