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- PDB-3w1h: Crystal structure of the selenocysteine synthase SelA from Aquife... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w1h
タイトルCrystal structure of the selenocysteine synthase SelA from Aquifex aeolicus
要素L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
キーワードTRANSFERASE / homodecamer / pentamer of dimers / fold-type I pyridoxal 5'-phosphate (PLP) dependent enzyme / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / selenocysteine synthesis / selenium metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


L-seryl-tRNASec selenium transferase / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase activity / selenocysteine incorporation / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #110 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #180 / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / L-seryl-tRNA selenium transferase-like / L-seryl-tRNA selenium transferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #110 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #180 / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / L-seryl-tRNA selenium transferase-like / L-seryl-tRNA selenium transferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.893 Å
データ登録者Itoh, Y. / Sekine, S. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Decameric SelA-tRNA(Sec) ring structure reveals mechanism of bacterial selenocysteine formation
著者: Itoh, Y. / Brocker, M.J. / Sekine, S. / Hammond, G. / Suetsugu, S. / Soll, D. / Yokoyama, S.
履歴
登録2012年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
C: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,6265
ポリマ－254,6265
非ポリマー00
水00
1
A: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
C: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

A: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
C: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)509,25210
ポリマ－509,25210
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area50550 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area168710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.033, 167.033, 211.109
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / Selenocysteine synthase / Sec synthase / Selenocysteinyl-tRNA(Sec) synthase


分子量: 50925.160 Da / 分子数: 5 / 変異: K19A, K21A, K46A, K48A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: selA / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)
参照: UniProt: O67140, L-seryl-tRNASec selenium transferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 120mM Tris-HCl, 11% PEG 4000, 200mM MgCl2, 90mM NiCl2, 50mM Na2S2O3, 50mM L-serine, 0.2M NaCl, 10mM 2-mercaptoethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.893→50 Å / Num. all: 28051 / Num. obs: 26396 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 130.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 3.9→4.04 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.736 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique all: 2717 / Rsym value: 0.736 / % possible all: 86.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W1I

3w1i


解像度: 3.893→49.247 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7564 / SU ML: 1.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2822 1345 5.1 %RANDOM
Rwork0.2203 ---
obs0.2235 26354 94.11 %-
all-28003 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 146.016 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 411.5 Å2 / Biso mean: 209.7605 Å2 / Biso min: 104.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--46.8339 Å2-0 Å20 Å2
2---46.8339 Å20 Å2
3---93.6677 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.893→49.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16913 0 0 0 16913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00817138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22223043
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072657
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042929
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.556690
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.8931-4.03220.41180.36862244236287
4.0322-4.19350.35351130.31272340245389
4.1935-4.38430.29891200.27282400252091
4.3843-4.61520.29161490.21832388253792
4.6152-4.90420.25151380.19572485262395
4.9042-5.28240.2871430.19322544268796
5.2824-5.81320.26811340.22892583271798
5.8132-6.65270.32661520.25012607275998
6.6527-8.3750.26611330.1972668280198
8.375-49.25050.25151450.18792750289596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.05821.8287-3.0924.1397-2.35595.13841.2473-1.16720.08291.8063-0.2255-1.0949-1.58170.3846-1.16772.2364-0.39540.0451.7874-0.12311.906-95.85247.8492-18.4155
26.79942.4938-1.20184.0433-1.08041.7269-0.25631.69740.7919-0.07010.03840.36070.04510.04670.28961.42710.16860.13741.81940.30360.9649-75.823146.488-60.2215
37.1439-0.671-1.83792.3936-1.28333.35120.9537-0.09282.87671.1937-0.1770.2385-1.7519-0.9466-0.63212.06010.21640.52421.5753-0.11652.7163-94.794568.4339-41.1396
44.3177-0.3261-4.20692.5786-0.05691.81920.51362.8141-0.2546-1.3314-0.7938-0.13630.1529-2.10660.41242.1890.28010.26143.0567-0.22822.2156-96.877732.8696-72.4148
53.825-1.43551.03626.4641-1.0065-0.3904-0.3429-0.28730.00160.81180.45250.6820.23950.0598-0.1031.7472-0.03860.34471.59930.05490.6497-76.256529.4428-36.6651
63.7032-0.01682.17132.94440.29942.1760.03130.6439-0.6564-0.73170.326-0.39640.2495-0.7444-0.33611.8501-0.16240.55731.9386-0.38241.6444-104.874515.6644-50.8351
75.9888-0.64242.9572.5488-1.35992.08480.1288-2.4712-0.91451.2241.5791-0.1915-1.0075-1.4851-1.59382.16440.28450.27082.37160.0651.5844-60.8554-24.9713-12.8545
84.3714-2.53961.2247.2335-1.87810.65480.5050.4568-0.6989-0.6541-0.57480.9705-0.0541-0.19520.05991.34870.00250.07541.6566-0.16050.8933-61.3088-7.1263-55.637
93.28950.6054-0.06752.5693-1.82251.59220.3084-1.0722-0.15490.55340.4870.0665-0.2584-0.5294-0.6821.92370.03510.62251.9370.21491.9878-84.1068-18.2203-32.1173
105.2346-1.16210.97674.5256-1.59284.04630.1947-0.2389-2.4381-1.01131.0468-0.76170.8941-0.1933-1.2292.25640.1321-0.32121.491-0.22132.7492-51.5166-34.0681-54.9068
116.00640.74561.44492.63890.55650.44590.1428-0.761-0.28940.8124-0.4258-0.47020.1970.14820.2661.8594-0.0241-0.06961.30970.28651.053-41.0592-13.8168-35.8009
124.10182.12942.27385.31840.14433.04631.23940.9966-0.8164-0.1415-0.7714-1.07931.25740.4296-0.20412.07030.2369-0.10861.95880.0092.5379-40.2455-44.8089-51.3743
135.00040.91890.23072.97790.78043.7406-0.0885-0.5163-1.45850.4902-0.23512.0866-0.58651.0358-0.21232.2881-0.2557-0.14481.71330.62044.59418.9766-23.0826-37.1394
147.56770.56141.30244.7190.57191.6244-0.07411.5423-1.9585-0.57840.1979-1.82080.48060.2724-0.08121.24430.02020.16011.3861-0.56992.5236-5.5256-10.554-61.876
154.1024-3.25552.45312.32890.72492.72931.614-0.5574-1.61911.47830.11010.30991.7393-0.0914-1.76182.6189-0.2674-0.78581.64020.47453.96662.3807-36.8195-40.6171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:89)A1 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 90:338)A90 - 338
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 339:452)A339 - 452
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 10:89)B10 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 90:338)B90 - 338
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 339:452)B339 - 452
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESSEQ 1:89)C1 - 89
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESSEQ 90:338)C90 - 338
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND (RESSEQ 339:452)C339 - 452
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND (RESSEQ 58:89)D58 - 89
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND (RESSEQ 90:338)D90 - 338
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN D AND (RESSEQ 339:452)D339 - 452
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN E AND (RESSEQ 54:89)E54 - 89
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN E AND (RESSEQ 90:338)E90 - 338
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN E AND (RESSEQ 339:452)E339 - 452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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