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- PDB-3w15: Structure of peroxisomal targeting signal 2 (PTS2) of Saccharomyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w15
タイトルStructure of peroxisomal targeting signal 2 (PTS2) of Saccharomyces cerevisiae 3-ketoacyl-CoA thiolase in complex with Pex7p and Pex21p
要素
  • 3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal, Maltose-binding periplasmic protein
  • Peroxisomal membrane protein PEX21
  • Peroxisomal targeting signal 2 receptor
キーワードPROTEIN TRANSPORT / beta-propeller / targeting signal recognition / cytosol / peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome matrix targeting signal-2 binding / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / positive regulation of binding / protein import into peroxisome matrix / acetyl-CoA C-acyltransferase / protein import into peroxisome matrix, docking / Peroxisomal protein import / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / phenylacetate catabolic process ...peroxisome matrix targeting signal-2 binding / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / positive regulation of binding / protein import into peroxisome matrix / acetyl-CoA C-acyltransferase / protein import into peroxisome matrix, docking / Peroxisomal protein import / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / phenylacetate catabolic process / peroxisomal membrane / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / fatty acid beta-oxidation / carbohydrate transport / peroxisomal matrix / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / Neutrophil degranulation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / mitochondrial intermembrane space / peroxisome / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / mRNA binding / DNA damage response / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #230 / : / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Thiolase ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #230 / : / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Bacterial extracellular solute-binding protein / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Bacterial extracellular solute-binding protein / Thiolase-like / Periplasmic binding protein-like II / Helix non-globular / Special / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / 3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal / Peroxisomal targeting signal 2 receptor / Peroxisomal membrane protein PEX21
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pan, D. / Nakatsu, T. / Kato, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of peroxisomal targeting signal-2 bound to its receptor complex Pex7p-Pex21p
著者: Pan, D. / Nakatsu, T. / Kato, H.
履歴
登録2012年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal targeting signal 2 receptor
B: Peroxisomal membrane protein PEX21
C: 3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal, Maltose-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,13118
ポリマ－95,4283
非ポリマー70415
水10,142563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area32300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.890, 52.750, 97.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Peroxisomal targeting signal 2 receptor / PTS2 receptor / Peroxin-7 / Peroxisome import protein PAS7


分子量: 41525.809 Da / 分子数: 1 / 変異: del(E257-V265) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: PEX7 / プラスミド: pPICZA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: P39108
#2: タンパク質 Peroxisomal membrane protein PEX21 / Peroxin-21


分子量: 11004.136 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residue 190-288 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: PEX21 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50091
#3: タンパク質 3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal, Maltose-binding periplasmic protein / FOX3 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 42897.555 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residue 1-15, UNP residues 27-396 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimera of 3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal, Maltose-binding periplasmic protein
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
株: S288c, K12 / 遺伝子: FOX3 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27796, UniProt: P0AEX9

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非ポリマー , 3種, 578分子

#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.67 % / Mosaicity: 0.879 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 25% PEG2000, 0.3M Magnesium nitrate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32.24 Å / Num. all: 71460 / Num. obs: 71460 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 7.12 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20.2139
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) allNum. measured allNum. unique all% possible all
1.8-1.96.850.23.77707021031999.24
1.9-2.017.140.135.5569944979799.9
2.01-2.157.150.17.5466030923199.95
2.15-2.327.170.08962085866199.99
2.32-2.557.20.079.69570597930100
2.55-2.857.220.0511.68519657198100
2.85-3.297.230.069.61462086391100
3.29-4.027.210.087.5338892539699.99
4.02-5.697.150.0510.730213422699.96
5.69-32.246.80.0316.9615719231197.21

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 52.08 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å32.01 Å
Translation2.5 Å32.01 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALACCP4_3.3.15データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→32.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.206 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.576 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 3618 5.1 %RANDOM
Rwork0.1891 ---
obs0.1908 71446 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.01 Å2 / Biso mean: 21.4142 Å2 / Biso min: 7.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å2-0.26 Å2
2--1.67 Å2-0 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6167 0 42 563 6772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0631.9468692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.635811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16725.222293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.372151037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1951522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5321.54015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99726400
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41532382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3954.52281
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8470.2822720.234880523498.433
1.847-1.8970.2552510.2134881514499.767
1.897-1.9520.2492420.1964715496799.799
1.952-2.0120.2392460.1934557481299.813
2.012-2.0770.2282220.194484471299.873
2.077-2.150.2282260.1914277450699.933
2.15-2.2310.2052110.1844161437499.954
2.231-2.3210.2232090.18640684277100
2.321-2.4240.2262100.19338184028100
2.424-2.5420.2262110.19836723883100
2.542-2.6780.251930.20235003693100
2.678-2.8390.2391690.20233063475100
2.839-3.0340.2361840.20131353319100
3.034-3.2740.2171800.1929223102100
3.274-3.5830.1931360.17526892825100
3.583-40.2091140.1642460257599.961
4-4.6070.1931160.1612166228499.912
4.607-5.6140.2211020.1771859196299.949
5.614-7.8210.251760.2011456153599.805
7.821-32.20.187480.21282293193.448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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