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万見
- PDB-3w0k: Crystal Structure of a glycoside hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w0k
タイトルCrystal Structure of a glycoside hydrolase
要素Bifunctional endomannanase/endoglucanase
キーワードHYDROLASE / Beta/Alpha barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caldanaerobius polysaccharolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Oyama, T. / Nakamura, H. / Morikawa, K. / Cann, I.K.O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a glycoside hydrolase
著者: Oyama, T. / Schmitz, G.E. / Dodd, D. / Han, Y. / Burnett, A. / Nagasawa, N. / Mackie, R.I. / Nakamura, H. / Morikawa, K. / Cann, I.K.O.
履歴
登録2012年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional endomannanase/endoglucanase
B: Bifunctional endomannanase/endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7254
ポリマ－78,4812
非ポリマー2442
水11,277626
1
A: Bifunctional endomannanase/endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3632
ポリマ－39,2401
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bifunctional endomannanase/endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3632
ポリマ－39,2401
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.133, 147.642, 55.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional endomannanase/endoglucanase / beta-mannnanase/endoglucanase


分子量: 39240.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldanaerobius polysaccharolyticus (バクテリア)
遺伝子: man5B / プラスミド: pET46b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D9J0D7
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris, 50%(v/v) MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日
放射モノクロメーター: FIXED EXIT SI 111 DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 102028 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VJZ

1vjz


解像度: 1.6→19.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 146422.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 5070 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.176 100324 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.321 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.39 Å20 Å2-2 Å2
2---3.16 Å20 Å2
3----0.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5457 0 16 626 6099
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.422.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 845 5.2 %
Rwork0.216 15252 -
obs--94.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3trs_xplor_param.txttrs_xplor_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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