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- PDB-3vzd: Crystal structure of Sphingosine Kinase 1 with inhibitor and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vzd
タイトルCrystal structure of Sphingosine Kinase 1 with inhibitor and ADP
要素Sphingosine kinase 1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / lipid kinase / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingosine kinase / sphinganine kinase activity / D-erythro-sphingosine kinase activity / sphingoid catabolic process / regulation of endosomal vesicle fusion / sphingosine metabolic process / lipid kinase activity / sphingosine-1-phosphate receptor activity / negative regulation of ceramide biosynthetic process / regulation of interleukin-1 beta production ...sphingosine kinase / sphinganine kinase activity / D-erythro-sphingosine kinase activity / sphingoid catabolic process / regulation of endosomal vesicle fusion / sphingosine metabolic process / lipid kinase activity / sphingosine-1-phosphate receptor activity / negative regulation of ceramide biosynthetic process / regulation of interleukin-1 beta production / regulation of microglial cell activation / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / Sphingolipid de novo biosynthesis / positive regulation of smooth muscle contraction / regulation of phagocytosis / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of p38MAPK cascade / DNA biosynthetic process / protein acetylation / blood vessel development / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / acetyltransferase activity / positive regulation of interleukin-17 production / regulation of endocytosis / endocytic vesicle / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / response to tumor necrosis factor / clathrin-coated pit / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of mitotic cell cycle / phosphorylation / VEGFR2 mediated cell proliferation / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / protein phosphatase 2A binding / positive regulation of protein ubiquitination / calcium-mediated signaling / brain development / PKR-mediated signaling / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of fibroblast proliferation / presynapse / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / early endosome membrane / positive regulation of cell growth / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / inflammatory response / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / negative regulation of apoptotic process / magnesium ion binding / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tumour Suppressor Smad4 - #40 / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 ...: / Tumour Suppressor Smad4 - #40 / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE 2- / Chem-UUL / Sphingosine kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Min, X. / Walker, N.P. / Wang, Z.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Molecular basis of sphingosine kinase 1 substrate recognition and catalysis.
著者: Wang, Z. / Min, X. / Xiao, S.H. / Johnstone, S. / Romanow, W. / Meininger, D. / Xu, H. / Liu, J. / Dai, J. / An, S. / Thibault, S. / Walker, N.
履歴
登録2012年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sphingosine kinase 1
B: Sphingosine kinase 1
C: Sphingosine kinase 1
D: Sphingosine kinase 1
E: Sphingosine kinase 1
F: Sphingosine kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,83422
ポリマ－239,5056
非ポリマー3,32916
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sphingosine kinase 1
ヘテロ分子

D: Sphingosine kinase 1
ヘテロ分子

B: Sphingosine kinase 1
C: Sphingosine kinase 1
ヘテロ分子

E: Sphingosine kinase 1
F: Sphingosine kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,83422
ポリマ－239,5056
非ポリマー3,32916
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_535x+1/2,-y-3/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area13170 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area75170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.202, 106.573, 226.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Sphingosine kinase 1 / SK 1 / SPK 1


分子量: 39917.469 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 9-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) homo sapiens (ヒト) / 細胞株: sf9 / 遺伝子: SPHK1, SPHK, SPK / プラスミド: pFastBac HTb / 参照: UniProt: Q9NYA1, sphingosine kinase

-
非ポリマー , 6種, 374分子

#2: 化合物
ChemComp-UUL / 4-{[4-(4-chlorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]amino}phenol / SKI-II


分子量: 302.779 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11ClN2OS
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.0-1.4M ammonium sulfate, 0.3-1.3M NaCl, 0.1M Bis-Tris, pH 6.0, sitting drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC315R / 検出器: CCD / 詳細: 3x3 CCD array
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→113.228 Å / Num. all: 108742 / Num. obs: 108742 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.423.50.4320.368254012154550.2230.4320.3683.197.3
2.42-2.573.50.3120.2662.752151147610.1610.3120.2664.398.2
2.57-2.753.60.2240.1913.749841139950.1160.2240.1916.198.6
2.75-2.973.60.1470.1255.747342130820.0760.1470.1259.399
2.97-3.253.60.0940.0818.344121121100.0490.0940.08114.499.4
3.25-3.643.70.0650.05510.840525110200.0330.0650.05521.299.5
3.64-4.23.70.0550.04711.53561597500.0290.0550.04726.699.4
4.2-5.143.50.0460.03913.42927783320.0240.0460.03930.599.6
5.14-7.273.50.0490.04212.62253864650.0260.0490.04228.998.9
7.27-96.3953.50.0390.03312.71336837720.020.0390.03332.999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.262 / WRfactor Rwork: 0.2023 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7898 / SU B: 7.645 / SU ML: 0.185 / SU R Cruickshank DPI: 0.3294 / SU Rfree: 0.2546 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2686 5435 5 %RANDOM
Rwork0.2055 ---
obs0.2086 108661 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 158.33 Å2 / Biso mean: 38.7938 Å2 / Biso min: 12.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å20 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16208 0 209 358 16775
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02216808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.041.99322803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.45952064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.54922.045709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.358152783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.32215162
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.22531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02112691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0991.510310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.024216511
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.99836498
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.744.56292
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 360 -
Rwork0.251 7423 -
all-7783 -
obs--96.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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