PDB-3vz9: Crystal structure of the chicken Spc24-Spc25 globular domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vz9

タイトル

Crystal structure of the chicken Spc24-Spc25 globular domain

要素

Spc24 protein
Uncharacterized protein

キーワード

CELL CYCLE / RWD domain / kinetochore component / chromosome segregation / Ndc80 complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / kinetochore => GO:0000776 / Ndc80 complex / chromosome segregation / cell cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.03 Å

データ登録者

Nishino, T. / Fukagawa, T.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: CENP-T provides a structural platform for outer kinetochore assembly
著者: Nishino, T. / Rago, F. / Hori, T. / Tomii, K. / Cheeseman, I.M. / Fukagawa, T.

履歴

登録	2012年10月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vz9.cif.gz	88.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vz9.ent.gz	65.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vz9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vz9_validation.pdf.gz	422.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vz9_full_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示
XML形式データ	3vz9_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	3vz9_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vz9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vzaC 2ve7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gxz-3 5zva-2 6e3b-13 6e3b-14 4oa7-3 6e3b-24 6e3b-11 6e3b-12 3nje-2 3neg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Uncharacterized protein

D: Spc24 protein

21 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.321, 58.137, 58.479
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / Spc25 protein 分子量: 12491.179 Da / 分子数: 1 / 断片: RWD domain, globular domain, UNP residues 131-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SPC25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1C4Y2
#2: タンパク質	Spc24 protein 分子量: 8503.399 Da / 分子数: 1 / 断片: RWD domain, globular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R4GRT3*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN D DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.12M Monosaccharides, 0.1M MES-Imidazol, 30% PEG20K/P550MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月28日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: SI 111 DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.03→50 Å / Num. all: 79724 / Num. obs: 79657 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 9.9 Å² / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 49
反射シェル	解像度: 1.03→1.05 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 4048 / R_sym value: 0.305 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ve7

2ve7

解像度: 1.03→41.229 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8846 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2066	2000	2.51 %
R_work	0.1929	-	-
obs	0.1932	79657	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.031 Å² / k_sol: 0.361 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.16 Å² / B_iso mean: 16.2841 Å² / B_iso min: 6.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.0151 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.7806 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2345 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.03→41.229 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1366	0	0	251	1617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1402
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.092	1895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	200
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	243
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.015	525

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.0301-1.0559	0.2438	143	0.2523	5465	5608	99
1.0559-1.0844	0.2499	139	0.2319	5506	5645	100
1.0844-1.1163	0.2036	142	0.2073	5531	5673	100
1.1163-1.1524	0.2014	144	0.2018	5522	5666	100
1.1524-1.1936	0.2296	146	0.1991	5572	5718	100
1.1936-1.2414	0.197	138	0.195	5526	5664	100
1.2414-1.2979	0.1848	143	0.1928	5552	5695	100
1.2979-1.3663	0.1786	146	0.1914	5561	5707	100
1.3663-1.4519	0.2132	141	0.195	5571	5712	100
1.4519-1.564	0.2023	144	0.1789	5592	5736	100
1.564-1.7214	0.2281	143	0.1922	5526	5669	99
1.7214-1.9705	0.2347	146	0.1878	5519	5665	98
1.9705-2.4826	0.1797	138	0.1802	5614	5752	99
2.4826-41.2625	0.2059	147	0.1951	5600	5747	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5866	-0.6313	-0.6397	3.2464	-0.8316	5.905	-0.0432	0.6374	0.0018	-0.6641	0.1193	-0.0991	-0.1014	0.1661	-0.0319	0.162	-0.0411	0.008	0.2003	-0.0242	0.0974	-7.5007	-18.956	-8.0825
2	3.3883	0.1658	-0.3995	6.4411	-0.3655	3.4953	0.0055	0.1166	0.4776	-0.1371	-0.055	0.0689	-0.5302	0.0444	0.0067	0.1068	-0.0106	-0.0138	0.0685	0.012	0.1067	-9.042	-5.1939	3.3485
3	2.6894	0.7867	-0.7854	2.9447	0.5063	1.284	-0.0059	-0.2353	-0.3587	0.511	-0.1338	0.8231	0.2074	-0.2747	0.0317	0.0916	-0.0179	0.0658	0.1034	0.0006	0.1759	-16.8384	-18.3827	12.867
4	4.4044	4.419	-5.2571	4.6115	-5.4474	6.4341	0.0098	0.1108	0.2715	0.0715	0.0928	0.2179	-0.1228	-0.0191	-0.1399	0.0827	-0.007	0.002	0.0913	-0.0008	0.0851	-6.7384	-5.0437	9.3744
5	7.1473	3.7538	-2.8079	4.3708	-0.7324	1.9163	0.1538	0.1206	0.6637	-0.0742	0.0518	0.2042	-0.1584	-0.0087	-0.224	0.0927	0.0006	0.001	0.0765	0.0174	0.092	-0.1279	0.8692	9.1491
6	4.9426	0.1417	-1.2476	1.2579	0.5923	1.0476	0.0664	-0.2307	-0.0888	0.146	-0.1089	0.0456	0.0383	-0.0151	0.0511	0.1002	-0.0261	0.0067	0.0872	-0.0091	0.0543	2.4716	-6.3696	16.0369
7	3.7281	1.0382	-1.4058	2.1637	-0.9354	2.6507	0.0641	-0.391	-0.1492	0.185	-0.0684	0.1261	0.0306	-0.0328	0.0194	0.0635	-0.0194	0.003	0.0875	0.0126	0.0588	-5.8279	-14.7259	16.7315
8	3.7923	-2.0433	-0.0945	7.7577	-0.7637	3.1593	0.156	0.4399	0.3146	-0.4072	-0.0928	-0.0072	-0.2877	-0.2399	-0.0591	0.0838	0.0104	0.0105	0.1259	0.0187	0.0738	-0.6668	-13.9077	-0.9282
9	7.002	3.8563	4.7414	2.3539	2.93	3.6526	-0.1146	0.3309	-0.1242	-0.2384	0.1841	-0.0257	-0.0422	0.2371	-0.0799	0.0928	-0.0068	-0.013	0.0801	-0.0038	0.0771	-3.4097	-27.6203	-3.9007
10	6.5008	-3.8041	-2.4612	9.1887	1.8805	0.9612	-0.1242	-1.4905	-0.0566	1.0033	0.1738	-0.5938	0.1359	0.8732	0.0072	0.1452	-0.0271	-0.0007	0.368	0.03	0.1428	9.6869	-25.4904	3.7468
11	0.099	0.4132	0.0542	3.2654	0.2838	2.0356	-0.0078	0.083	-0.0853	0.0188	0.0756	0.1669	0.2092	-0.052	-0.0642	0.0783	0.0067	-0.0029	0.0676	0.0142	0.078	-5.2358	-26.8212	7.9304

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN B AND (RESSEQ 131:149)	B	131 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESSEQ 150:165)	B	150 - 165
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESSEQ 166:176)	B	166 - 176
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 177:183)	B	177 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 184:195)	B	184 - 195
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 196:213)	B	196 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 214:233)	B	214 - 233
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND (RESSEQ 136:145)	D	136 - 145
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN D AND (RESSEQ 146:162)	D	146 - 162
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND (RESSEQ 163:168)	D	163 - 168
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D AND (RESSEQ 169:195)	D	169 - 195

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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