+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vz9 | ||||||
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Title | Crystal structure of the chicken Spc24-Spc25 globular domain | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / RWD domain / kinetochore component / chromosome segregation / Ndc80 complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / kinetochore => GO:0000776 / Ndc80 complex / chromosome segregation / cell cycle ...Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / kinetochore => GO:0000776 / Ndc80 complex / chromosome segregation / cell cycle / cell division / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.03 Å | ||||||
Authors | Nishino, T. / Fukagawa, T. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2013 Title: CENP-T provides a structural platform for outer kinetochore assembly Authors: Nishino, T. / Rago, F. / Hori, T. / Tomii, K. / Cheeseman, I.M. / Fukagawa, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vz9.cif.gz | 88.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vz9.ent.gz | 65.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vz9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3vz9_validation.pdf.gz | 422.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3vz9_full_validation.pdf.gz | 423.8 KB | Display | |
Data in XML | 3vz9_validation.xml.gz | 11 KB | Display | |
Data in CIF | 3vz9_validation.cif.gz | 15.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vz9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vzaC 2ve7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12491.179 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RWD domain, globular domain, UNP residues 131-234 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: SPC25 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1C4Y2 |
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#2: Protein | Mass: 8503.399 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RWD domain, globular domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: R4GRT3*PLUS |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN D DOES NOT CURRENTLY EXIST. |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.12M Monosaccharides, 0.1M MES-Imidazol, 30% PEG20K/P550MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 28, 2011 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: SI 111 DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.03→50 Å / Num. all: 79724 / Num. obs: 79657 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 9.9 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 49 |
Reflection shell | Resolution: 1.03→1.05 Å / Redundancy: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 4048 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2ve7 Resolution: 1.03→41.229 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8846 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.32 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.031 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 53.16 Å2 / Biso mean: 16.2841 Å2 / Biso min: 6.33 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.03→41.229 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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