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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vz8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the Mini-chaperonin variant with Leu 185, Val 186, Pro 187, Arg 188 and Ser 190 replaced with all Gly | ||||||
![]() | 60 kDa chaperonin | ||||||
![]() | CHAPERONE / Chaperon / HSP60 / GroEL / Cell division / ATP-binding / Phosphorylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / unfolded protein binding / positive regulation of T cell activation / protein folding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saijo, S. / Sato, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding Energy(BE) from Crystal Packing of Mini-chaperones (mcpn) Provided Insights into the Allosteric Interaction of GroEL/ES Complex 著者: Saijo, S. / Sato, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21359.379 Da / 分子数: 3 / 断片: Apical domain, UNP residues 192-376 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUES 184-190 ARE HETEROLOGO | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 0.1M Tris-HCl, 1.61M NaCl, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月27日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 52185 / Num. obs: 52185 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KID 解像度: 1.9→47.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1588366.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.8292 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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