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- PDB-3vyt: Crystal structure of the HypC-HypD-HypE complex (form I inward) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vyt
タイトルCrystal structure of the HypC-HypD-HypE complex (form I inward)
要素(Hydrogenase expression/formation protein ...) x 3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/TRANSFERASE / [NiFe] hydrogenase maturation / METAL BINDING PROTEIN-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon dioxide binding / carbon monoxide binding / protein maturation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HypD, alpha/beta domain 2 / HypD, alpha/beta domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #100 / Hydrogenase formation HypD protein / HypD, domain 1 / HypD, domain 2 / Hydrogenase formation hypA family / Hydrogenase assembly chaperone, conserved site / Hydrogenases expression/synthesis hupF/hypC family signature. / Hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC ...HypD, alpha/beta domain 2 / HypD, alpha/beta domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #100 / Hydrogenase formation HypD protein / HypD, domain 1 / HypD, domain 2 / Hydrogenase formation hypA family / Hydrogenase assembly chaperone, conserved site / Hydrogenases expression/synthesis hupF/hypC family signature. / Hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC / HupF/HypC family / Carbamoyl dehydratase HypE / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / SH3 type barrels. - #140 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Hydrogenase expression/formation protein HypC / hydrogenase expression/formation protein HypD / Hydrogenase expression/formation protein HypE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Watanabe, S. / Miki, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of the HypCD complex and the HypCDE ternary complex: transient intermediate complexes during [NiFe] hydrogenase maturation
著者: Watanabe, S. / Matsumi, R. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.
履歴
登録2012年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase expression/formation protein HypC
B: Hydrogenase expression/formation protein HypD
C: Hydrogenase expression/formation protein HypE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,52210
ポリマ－86,0143
非ポリマー5097
水2,756153
1
A: Hydrogenase expression/formation protein HypC
B: Hydrogenase expression/formation protein HypD
C: Hydrogenase expression/formation protein HypE
ヘテロ分子

A: Hydrogenase expression/formation protein HypC
B: Hydrogenase expression/formation protein HypD
C: Hydrogenase expression/formation protein HypE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,04420
ポリマ－172,0276
非ポリマー1,01714
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area17400 Å2
ΔGint-272 kcal/mol
Surface area50890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.333, 99.412, 103.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Hydrogenase expression/formation protein ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Hydrogenase expression/formation protein HypC


分子量: 8133.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: Tk-hypC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JII0
#2: タンパク質 Hydrogenase expression/formation protein HypD


分子量: 41925.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: Tk-hypD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JII1
#3: タンパク質 Hydrogenase expression/formation protein HypE


分子量: 35954.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: TK1993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JII7

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非ポリマー , 4種, 160分子

#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 50mM MES, 12-16% PEG400, 10mM magnesium chloride, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 34520 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 50.7 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 22.3 / % possible all: 80.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z1C, 2Z1D, 2Z1E

2z1c

2z1d

2z1e


解像度: 2.25→34.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3484493.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1698 4.9 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 34500 92.1 %-
all-37475 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.2869 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.14 Å20 Å2-1.23 Å2
2--12.27 Å20 Å2
3----7.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→34.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5673 0 14 153 5840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d5.68
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.871.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.362.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 236 4.6 %
Rwork0.303 4847 -
obs--82.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4hypd_fs10.paramhypd_fs4.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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