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- PDB-3vyq: Crystal structure of the methyl CpG Binding Domain of MBD4 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vyq
タイトルCrystal structure of the methyl CpG Binding Domain of MBD4 in complex with the 5mCG/TG sequence in space group P1
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
  • Methyl-CpG-binding domain protein 4
キーワードHYDROLASE/DNA / methyl CpG binding domain / protein-DNA complex / versatile base recognition / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cleavage of the damaged pyrimidine / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / response to radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA repair / DNA damage response / chromatin ...Cleavage of the damaged pyrimidine / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / response to radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA repair / DNA damage response / chromatin / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / DNA glycosylase / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily ...Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / DNA glycosylase / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.525 Å
データ登録者Otani, J. / Arita, K. / Kato, T. / Kinoshita, M. / Ariyoshi, M. / Shirakawa, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of the versatile DNA recognition ability of the methyl-CpG binding domain of methyl-CpG binding domain protein 4
著者: Otani, J. / Arita, K. / Kato, T. / Kinoshita, M. / Kimura, H. / Suetake, I. / Tajima, S. / Ariyoshi, M. / Shirakawa, M.
履歴
登録2012年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 4
B: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
D: Methyl-CpG-binding domain protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6608
ポリマ－23,4024
非ポリマー2584
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.604, 34.093, 61.165
Angle α, β, γ (deg.)75.28, 77.76, 87.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )
21chain D and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLNGLNchain A and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )AA71 - 839 - 21
12LEULEUGLYGLYchain A and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )AA85 - 8723 - 25
13PHEPHEPHEPHEchain A and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )AA97 - 10535 - 43
14SERSERLEULEUchain A and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )AA110 - 11648 - 54
15ASNASNVALVALchain A and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )AA118 - 13256 - 70
21LYSLYSGLNGLNchain D and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )DD71 - 839 - 21
22LEULEUGLYGLYchain D and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )DD85 - 8723 - 25
23PHEPHEPHEPHEchain D and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )DD97 - 10535 - 43
24SERSERLEULEUchain D and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )DD110 - 11648 - 54
25ASNASNVALVALchain D and (resseq 71:83 or resseq 85:87 or resseq 97:105 or resseq 110:116 or resseq 118:132 )DD118 - 13256 - 70

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-CpG-binding protein MBD4 / Mismatch-specific DNA N-glycosylase


分子量: 8332.593 Da / 分子数: 2 / 断片: methyl CpG binding domain, UNP residues 63-136 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mbd4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Z2D7, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*A)-3')


分子量: 3372.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 3364.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 59分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2mM zinc acetate, 100mM sodium cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 7786 / Num. obs: 7225 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 67.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VXV

3vxv


解像度: 2.525→32.972 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 323 4.55 %RANDOM
Rwork0.1934 ---
obs0.1954 7095 90.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.543 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 109.83 Å2 / Biso mean: 36.5379 Å2 / Biso min: 11.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2347 Å2-8.443 Å2-4.6272 Å2
2--5.9693 Å22.7744 Å2
3----1.7345 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.525→32.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1030 429 7 55 1521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071542
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1612158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.241605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004201
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A376X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
12D376X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5253-3.18120.33471490.2485309382
3.1812-32.97520.20571740.1745367998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0406-0.43560.56840.935-0.29842.1090.2038-0.5951-0.0653-0.06620.08450.1188-0.0179-0.0396-0.15960.13820.02860.0360.29430.00250.073513.0063-10.40659.1365
24.709-4.02053.85157.7506-3.17375.46140.27640.39290.6010.141-0.8930.1245-0.91290.3172-0.24170.32940.08260.01760.136-0.05880.212211.581-8.714-5.848
32.5678-0.5116-0.95720.5355-0.81782.81190.2461-0.024-0.0368-0.3666-0.4822-0.021-0.1797-0.24250.15510.32760.0295-0.03160.12570.0060.154411.8095-10.514-5.3296
42.2885-0.09770.45551.0114-0.11881.079-0.13580.0607-0.32820.05220.2831-0.0335-0.05550.0083-0.10950.1750.12290.06390.41760.02620.082910.3282-26.2174-22.2785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 70:132)A70 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 2:11)B2 - 11
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 1:11)C1 - 11
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 70:132)D70 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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