ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | MOLREP | | 位相決定 | | REFMAC | 5.5.0109精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→39.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.722 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2635 | 327 | 4.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.204 | - | - | - |
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obs | 0.2067 | 6526 | 99.22 % | - |
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all | - | 6853 | - | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 74.82 Å2 / Biso mean: 38.3436 Å2 / Biso min: 19.66 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.43 Å2 | 0.72 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.43 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -2.15 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.97 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 601 | 0 | 43 | 32 | 676 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.022 | 0.022 | 668 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.165 | 2.174 | 914 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg7.05 | 5 | 81 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg38.931 | 26.364 | 22 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg18.659 | 15 | 117 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg8.256 | 15 | 1 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.137 | 0.2 | 88 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.01 | 0.021 | 499 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it1.303 | 1.5 | 399 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it2.28 | 2 | 631 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it3.235 | 3 | 269 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it5.005 | 4.5 | 282 | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0.173 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.294 | 16 | - |
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Rwork | 0.267 | 462 | - |
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all | - | 478 | - |
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obs | - | 478 | 98.15 % |
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