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- PDB-3vw4: Crystal structure of the DNA-binding domain of ColE2-P9 Rep in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vw4
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domain of ColE2-P9 Rep in complex with the replication origin
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*T)-3')
  • Rep
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / helix-turn-helix / specific DNA-binding and unwinding of DNA duplex / cytosol / replication initiator protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Endonuclease III; domain 1 - #50 / Plasmid replicase, bacterial / Primase, C-terminal 1 / Replicase family / Primase C terminal 1 (PriCT-1) / Primase C terminal 1 (PriCT-1) / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Endonuclease III; domain 1 ...Endonuclease III; domain 1 - #50 / Plasmid replicase, bacterial / Primase, C-terminal 1 / Replicase family / Primase C terminal 1 (PriCT-1) / Primase C terminal 1 (PriCT-1) / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Endonuclease III; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Plasmid replication protein Rep
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Itou, H. / Yagura, M. / Itoh, T. / Shirakihara, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Replication Origin Unwinding by An Initiator-Primase of Plasmid ColE2-P9: Duplex DNA Unwinding by A Single Protein
著者: Itou, H. / Yagura, M. / Shirakihara, Y. / Itoh, T.
履歴
登録2012年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rep
B: Rep
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,17311
ポリマ－57,6926
非ポリマー4805
水48627
1
A: Rep
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9424
ポリマ－28,8463
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
2
B: Rep
E: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2307
ポリマ－28,8463
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.662, 61.824, 273.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.976328, 0.113415, -0.184178), (-0.113122, -0.993507, -0.01213), (-0.184358, 0.008991, 0.982818)43.76983, 37.72441, 4.07547

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要素

#1: タンパク質 Rep / replication initiator ColE2-Rep


分子量: 14726.999 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-bindig domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rep / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q06B24
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*C)-3')


分子量: 7057.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligo DNA
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*T)-3')


分子量: 7061.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligo DNA
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5M ammonium sulfate, 1.0M lithium sulfate, 0.1M sodium-citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月17日 / 詳細: monochromator and mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 23141 / Num. obs: 22951 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 11.645 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26233 1168 5.1 %RANDOM
Rwork0.22014 ---
all0.26 23141 --
obs0.22232 21787 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.534 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å2-0 Å2
2--2 Å20 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1972 1665 25 27 3689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0153920
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1931.6485644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6275240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.72319.7891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.80115348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0661526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.702→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 64 -
Rwork0.318 1376 -
obs--95.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7071-3.0529-1.3863.39632.13322.4524-0.0062-0.19590.0868-0.09930.0949-0.0492-0.1590.143-0.08860.0127-0.00620.00350.0330.00860.045329.92316.58174.732
27.01352.78260.609412.487313.830416.3296-0.54860.44830.18370.42470.7015-0.1210.85590.5646-0.15291.05180.0570.04030.74750.09420.242236.55712.9312.89
32.502-0.3408-0.15344.0656-2.33673.32130.0180.0194-0.0532-0.08920.04070.11920.149-0.1213-0.05880.0076-0.0083-0.0040.0264-0.00460.0372.87920.05372.203
40.81870.35511.81283.0009-4.605314.48010.05180.326-0.1289-0.05470.66860.25160.0127-0.0362-0.72040.9911-0.02070.06450.9948-0.05090.3389-0.76419.9111.774
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A175 - 239
2X-RAY DIFFRACTION2A269 - 290
3X-RAY DIFFRACTION3B175 - 239
4X-RAY DIFFRACTION4B269 - 290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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