PDB-3vvo: Crystal structure of MATE in the bent conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vvo

タイトル

Crystal structure of MATE in the bent conformation

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MATE / multidrug transporter

機能・相同性

: / : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / MATE family efflux transporter

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.504 Å

データ登録者

Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter.
著者: Tanaka, Y. / Hipolito, C.J. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Kuroda, T. / Higuchi, T. / Katoh, T. / Kato, H.E. / Hattori, M. / Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Suga, H. / Nureki, O.

履歴

登録	2012年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vvo.cif.gz	179.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vvo.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vvnC 3vvpC 3vvrC 3vvsC 3w4tC 3wbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tue-6 6rwz-d 6idr-d 3stb-d 1tue-5 1tue-4 6ugl-d 5rhq-d 3mku-1 4a2u-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.893, 58.835, 71.491
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.180, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / Archaeal-type transporter 分子量: 49276.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: JCM 8422 / 遺伝子: PF0708 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8U2X0
#2: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: lipdic cubic phase / pH: 6.5 詳細: 32% PEG 400, 50mM MES-NaOH, 20mM CaCl2, 100mM NaSCN, pH 6.5, lipdic cubic phase, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月27日
放射	モノクロメーター: liquid nitrogen cooled double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.504→31.663 Å / Num. all: 21175 / Num. obs: 21175 / % possible obs: 95.89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 37.41 Å²
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 15.2 / Num. unique all: 1098 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.504→31.663 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8065 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2564	2010	9.49 %	RANDOM
R_work	0.2065	-	-	-
all	0.2113	21175	-	-
obs	0.2113	21175	95.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 159.78 Å² / B_iso mean: 46.9953 Å² / B_iso min: 18.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.504→31.663 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3283	0	136	41	3460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3469
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.879	4660
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	556
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.804	1248

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5043-2.5669	0.3334	139	0.2827	1279	1418	90
2.5669-2.6362	0.3299	148	0.2487	1400	1548	99
2.6362-2.7138	0.3122	142	0.2427	1408	1550	99
2.7138-2.8013	0.292	155	0.2318	1395	1550	99
2.8013-2.9014	0.284	148	0.2304	1385	1533	99
2.9014-3.0175	0.2855	138	0.2185	1426	1564	99
3.0175-3.1547	0.2606	153	0.2165	1397	1550	99
3.1547-3.3208	0.2604	148	0.2142	1415	1563	99
3.3208-3.5286	0.2928	145	0.205	1418	1563	99
3.5286-3.8007	0.273	148	0.1922	1412	1560	100
3.8007-4.1824	0.2472	149	0.1762	1447	1596	100
4.1824-4.7858	0.2346	94	0.197	860	954	60
4.7858-6.0228	0.2442	148	0.2112	1436	1584	100
6.0228-31.6653	0.1846	155	0.1836	1487	1642	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9306	-1.4061	-3.7029	1.2351	1.6271	9.0024	0.0461	-0.0714	0.0009	0.0375	-0.0028	-0.0488	0.1537	0.0016	0.1409	0.3162	-0.0669	0.0126	0.2166	-0.0398	0.3493	333.2714	-4.924	168.0098
2	0.569	-0.3032	0.8082	1.6279	0.4103	1.182	0.046	0.0532	0.1814	-0.119	0.0699	0.0547	-0.2359	-0.1463	-0.087	0.3003	0.0054	0.007	0.1636	0.0437	0.2363	328.1207	11.427	169.2336
3	1.0227	0.3622	-0.7836	1.1912	-0.4197	2.919	0.0122	0.0419	0.0715	-0.253	-0.0028	-0.0249	-0.2066	0.0868	0.1062	0.3126	-0.0214	-0.0075	0.1754	0.0027	0.2407	336.952	6.5327	175.9716
4	7.7718	5.5306	-6.9342	5.1939	-4.8731	7.9686	0.3043	-0.1946	0.0321	0.2308	-0.2178	0.14	-0.1982	-0.2944	-0.0293	0.3641	-0.0228	0.0172	0.2876	-0.0278	0.23	317.5424	8.1482	162.3594
5	4.5023	-3.1869	-4.9248	2.924	3.2608	5.4236	0.3775	0.0201	0.5603	-0.2101	0.2026	0.1625	-0.0063	-0.6811	-0.3736	0.3226	0.0452	0.0393	0.5845	0.035	0.3518	308.3424	-6.4753	173.7034
6	7.2126	3.2626	-5.1087	3.2964	-2.9812	7.3009	-0.3865	0.0068	-0.393	-0.5226	-0.0248	-0.2201	0.5991	0.1007	0.3735	0.2513	0.0489	-0.0047	0.1663	0.0011	0.1822	326.3041	-10.1156	153.9193
7	2.2395	-0.1688	0.2631	3.0672	-1.2805	0.5357	-0.1816	0.0816	-0.1349	-0.0518	0.2207	0.0584	-0.05	-0.42	-0.0654	0.4107	-0.0153	-0.0043	0.3686	-0.0349	0.263	310.8437	-6.1344	162.6175
8	4.0392	-0.152	-3.211	1.6099	-0.3121	4.2374	0.3131	0.2019	0.364	-0.2418	0.1007	0.0519	-0.0601	-0.1286	-0.1289	0.3134	0.0015	-0.0256	0.3994	-0.029	0.2006	313.8331	-4.2167	150.1876

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 4:49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 50:130 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 131:235 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 236:269 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 270:290 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 291:340 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 341:420 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 421:457 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)