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- PDB-6ugl: VqmA bound to DPO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ugl
タイトルVqmA bound to DPO
要素Helix-turn-helix transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional activator protein of quorum sensing genes / 3 / 5-dimethylpyrazin-2-ol (DPO)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
PAS fold-4 / PAS fold / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain ...PAS fold-4 / PAS fold / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5-dimethylpyrazin-2(1H)-one / Helix-turn-helix transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Paczkowski, J.E. / Huang, X.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R37GM065859 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1713731 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Mechanism underlying autoinducer recognition in theVibrio choleraeDPO-VqmA quorum-sensing pathway.
著者: Huang, X. / Duddy, O.P. / Silpe, J.E. / Paczkowski, J.E. / Cong, J. / Henke, B.R. / Bassler, B.L.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helix-turn-helix transcriptional regulator
B: Helix-turn-helix transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3584
ポリマ－55,1092
非ポリマー2482
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.459, 84.680, 116.042
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Helix-turn-helix transcriptional regulator / LuxR family transcriptional regulator / PAS domain S-box protein / Transcriptional regulator / LuxR family


分子量: 27554.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 (コレラ菌)
遺伝子: C9J66_03310, EC575_07960, EN12_18880, ERS013215_03763, EYB64_07770
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F0AZW0
#2: 化合物 ChemComp-QOS / 3,5-dimethylpyrazin-2(1H)-one / 3,5-ジメチルピラジン-2-オ-ル


分子量: 124.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1 M Tris pH 7.3, 16% PEG3350 and 0.2 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→28.9 Å / Num. obs: 32520 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 34.51 Å2 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 12.56
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / Num. unique obs: 2905 / Rrim(I) all: 0.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.03→28.86 Å / SU ML: 0.3133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 41.0948
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 1990 6.12 %
Rwork0.2771 --
obs0.2803 32520 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→28.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3207 0 18 0 3225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00743300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95484459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.40291943
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.080.44791210.38521854X-RAY DIFFRACTION86.06
2.08-2.140.4231400.34982169X-RAY DIFFRACTION99.35
2.14-2.20.40321420.32052164X-RAY DIFFRACTION99.14
2.2-2.270.39891410.31262165X-RAY DIFFRACTION99.7
2.27-2.350.41251420.31812163X-RAY DIFFRACTION99.48
2.35-2.440.381410.31262176X-RAY DIFFRACTION99.27
2.44-2.560.37331420.31892166X-RAY DIFFRACTION99.61
2.56-2.690.3541410.31052183X-RAY DIFFRACTION99.44
2.69-2.860.37911430.30092197X-RAY DIFFRACTION99.83
2.86-3.080.37951450.3072214X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.390.37481450.29162219X-RAY DIFFRACTION99.75
3.39-3.880.29771450.25632242X-RAY DIFFRACTION99.92
3.88-4.880.27341470.22122242X-RAY DIFFRACTION99.83
4.88-28.860.25811550.24982376X-RAY DIFFRACTION99.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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