PDB-3vvn: Crystal structure of MATE in the straight conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vvn

タイトル

Crystal structure of MATE in the straight conformation

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MATE / multidrug transporter

機能・相同性

: / : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / MATE family efflux transporter

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.398 Å

データ登録者

Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter.
著者: Tanaka, Y. / Hipolito, C.J. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Kuroda, T. / Higuchi, T. / Katoh, T. / Kato, H.E. / Hattori, M. / Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Suga, H. / Nureki, O.

履歴

登録	2012年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vvn.cif.gz	180.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vvn.ent.gz	142.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vvn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vvn_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vvn_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	3vvn_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	3vvn_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vvoC 3vvpC 3vvrC 3vvsC 3w4tC 3wbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hfb-4 3w4t-d 4rv6-3 4r6e-1 4lzg-d 4mlb-4 5du9-2 4xa5-d 6p1s-d 5tl4-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.889, 60.100, 68.127
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.270, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / Archaeal-type transporter 分子量: 49276.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: JCM 8422 / 遺伝子: PF0708 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8U2X0
#2: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.02 % / Mosaicity: 0.406 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: lipdic cubic phase / pH: 6.5 詳細: 32% PEG 400, 50mM MES-NaOH, 20mM CaCl2, 100mM NaSCN, pH 6.5, lipdic cubic phase, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL32XU / 波長: 0.979, 0.900, 0.910

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: liquid nitrogen cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9	1
3	0.91	1

反射

解像度: 2.398→50 Å / Num. all: 24440 / Num. obs: 24440 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Χ²: 0.897 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.44	3.7	0.37	1174	0.482	1	94.7
2.44-2.49	4.1	0.367	1192	0.47	1	98.8
2.49-2.53	4.3	0.364	1242	0.513	1	97.9
2.53-2.59	4.5	0.334	1204	0.538	1	98.9
2.59-2.64	4.6	0.347	1210	0.554	1	98.5
2.64-2.7	4.8	0.311	1246	0.582	1	99
2.7-2.77	5	0.293	1228	0.616	1	99.7
2.77-2.85	5	0.28	1230	0.669	1	99.3
2.85-2.93	5.2	0.254	1220	0.665	1	99.5
2.93-3.02	5.3	0.237	1247	0.749	1	99.6
3.02-3.13	5.4	0.206	1228	0.789	1	99.2
3.13-3.26	5.6	0.191	1244	0.84	1	100
3.26-3.41	5.7	0.164	1230	0.926	1	99.7
3.41-3.58	6	0.135	1234	1.006	1	99.5
3.58-3.81	6.2	0.11	1263	1.056	1	99.8
3.81-4.1	6.3	0.086	1230	1.19	1	99.7
4.1-4.52	6.1	0.076	1155	1.499	1	92.1
4.52-5.17	6.2	0.071	1103	1.408	1	87.3
5.17-6.51	6.4	0.086	1267	1.146	1	99.9
6.51-50	6.7	0.043	1293	1.216	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.398→43.331 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.859 / SU ML: 0.67 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1990	8.15 %	RANDOM
R_work	0.2064	-	-	-
all	0.209	24429	-	-
obs	0.209	24429	97.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.036 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.91 Å² / B_iso mean: 37.8429 Å² / B_iso min: 5.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.5636 Å²	-0 Å²	5.7831 Å²
2-	-	0.6044 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.168 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.398→43.331 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3292	0	136	30	3458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3472
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.753	4658
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	554
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.833	1247

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3975-2.4575	0.3383	137	0.2721	1501	1638	92
2.4575-2.5239	0.2993	142	0.2542	1605	1747	98
2.5239-2.5982	0.2728	145	0.238	1597	1742	99
2.5982-2.682	0.2523	138	0.2166	1584	1722	99
2.682-2.7779	0.2313	141	0.2027	1623	1764	99
2.7779-2.8891	0.2359	147	0.1986	1617	1764	99
2.8891-3.0205	0.2223	141	0.1852	1630	1771	100
3.0205-3.1797	0.2083	143	0.1795	1622	1765	99
3.1797-3.3789	0.2282	149	0.1823	1633	1782	100
3.3789-3.6396	0.2186	145	0.1772	1629	1774	99
3.6396-4.0057	0.2157	145	0.1912	1656	1801	100
4.0057-4.5847	0.2264	128	0.1962	1439	1567	88
4.5847-5.7741	0.2384	144	0.2208	1602	1746	97
5.7741-43.3384	0.2389	145	0.2268	1701	1846	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3396	0.0369	0.5364	1.7958	0.1235	0.8657	-0.0186	0.0167	-0.0233	-0.0802	-0.0242	-0.0527	-0.0781	0.0881	0.0256	0.1567	0.0103	-0.0116	-0.0387	0.0103	0.0844	-36.9389	3.1798	-27.5872
2	2.1074	-0.636	-0.7428	1.4829	0.3445	1.359	-0.0332	0.0168	-0.0551	0.0709	-0.0398	-0.2681	0.0374	0.2546	0.0616	0.0878	-0.0229	-0.0164	0.0959	0.0405	0.1317	-19.0942	-5.5816	-16.5164

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 4:235)	A	4 - 235
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 236:454)	A	236 - 454

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