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- PDB-3vuq: Crystal structure of TTHA0167, a transcriptional regulator, TetR/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vuq
タイトルCrystal structure of TTHA0167, a transcriptional regulator, TetR/AcrR family from Thermus thermophilus HB8
要素Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / helix-turn-helix / transcriptional regulator / DNA Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator SbtR-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...: / Transcriptional regulator SbtR-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Agari, Y. / Sakamoto, K. / Agari, K. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Structure and function of a TetR family transcriptional regulator, SbtR, from thermus thermophilus HB8
著者: Agari, Y. / Sakamoto, K. / Yutani, K. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A.
履歴
登録2012年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
B: Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
C: Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
D: Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4884
ポリマ－85,4884
非ポリマー00
水5,332296
1
A: Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
B: Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7442
ポリマ－42,7442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
D: Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7442
ポリマ－42,7442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.327, 174.821, 56.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator (TetR/AcrR family) / TTHA0167


分子量: 21371.908 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 3-189 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA0167 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SLX6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.5451.63
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931マイクロバッチ法4.630% PEG300, 0.2M phosphate citrate, 0.15M lithium chloride, pH 4.6, micro-batch, temperature 293.0K
2932マイクロバッチ法4.230% PEG300, 0.2 M phosphate citrate, pH 4.2, micro-batch, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月6日
詳細: a fixed exit Si double crystal monochromator followed by a two dimensional focusing mirror
放射モノクロメーター: fixed exit Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 53147 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 5.77 / Num. unique all: 3090 / % possible all: 79.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→30.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1839630.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 5271 10.1 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 52190 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.6429 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å20.27 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3---0.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å-0.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5767 0 0 296 6063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.332.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 707 9.8 %
Rwork0.206 6542 -
obs-7249 80.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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