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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vuq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TTHA0167, a transcriptional regulator, TetR/AcrR family from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Transcriptional regulator (TetR/AcrR family) | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATOR / helix-turn-helix / transcriptional regulator / DNA Binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Agari, Y. / Sakamoto, K. / Agari, K. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2013 タイトル: Structure and function of a TetR family transcriptional regulator, SbtR, from thermus thermophilus HB8 著者: Agari, Y. / Sakamoto, K. / Yutani, K. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vuq.cif.gz | 150.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vuq.ent.gz | 126.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vuq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3vuq_validation.pdf.gz | 446.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3vuq_full_validation.pdf.gz | 459.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3vuq_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3vuq_validation.cif.gz | 42.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/3vuq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/3vuq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21371.908 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 3-189 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0167 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SLX6 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 |
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結晶化 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月6日 詳細: a fixed exit Si double crystal monochromator followed by a two dimensional focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: fixed exit Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 53147 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 29.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 5.77 / Num. unique all: 3090 / % possible all: 79.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→30.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1839630.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.6429 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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