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- PDB-3vup: Beta-1,4-mannanase from the common sea hare Aplysia kurodai -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vup
タイトルBeta-1,4-mannanase from the common sea hare Aplysia kurodai
要素Beta-1,4-mannanase
キーワードHYDROLASE / Tim Barrel / Beta-1 / 4-mannanase / mannan / digestive fluid
機能・相同性Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / Beta-1,4-mannanase
機能・相同性情報
生物種Aplysia kurodai (アメフラシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Mizutani, K. / Tsuchiya, S. / Toyoda, M. / Nanbu, Y. / Tominaga, K. / Yuasa, K. / Takahashi, N. / Tsuji, A. / Mikami, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structure of beta-1,4-mannanase from the common sea hare Aplysia kurodai at 1.05 A resolution.
著者: Mizutani, K. / Tsuchiya, S. / Toyoda, M. / Nanbu, Y. / Tominaga, K. / Yuasa, K. / Takahashi, N. / Tsuji, A. / Mikami, B.
履歴
登録2012年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,4-mannanase
B: Beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,61918
ポリマ－80,0302
非ポリマー1,58916
水21,2401179
1
A: Beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8099
ポリマ－40,0151
非ポリマー7958
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8099
ポリマ－40,0151
非ポリマー7958
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.092, 114.098, 51.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Beta-1,4-mannanase


分子量: 40014.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 19-369 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aplysia kurodai (アメフラシ) / 参照: UniProt: E5RSM0
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M sodium sulfate, 100mM Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月31日
放射モノクロメーター: Si double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→50 Å / Num. all: 296609 / Num. obs: 292160 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.05→24.95 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1565 14693 5.04 %Random
Rwork0.1367 ---
obs0.1377 291356 97.43 %-
all-299041 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.791 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2889 Å20 Å2-0 Å2
2--0.9499 Å2-0 Å2
3----1.2387 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→24.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5648 0 86 1179 6913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2528487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2542320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094830
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061096
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.05-1.06190.20244370.1711882094
1.0619-1.07440.18914820.1622880694
1.0744-1.08750.18144920.1539883394
1.0875-1.10130.17154600.1462878294
1.1013-1.11580.16924580.1391898295
1.1158-1.13110.15794730.1302889395
1.1311-1.14720.1464750.1263899596
1.1472-1.16440.15064960.1264893195
1.1644-1.18250.14514830.1227899096
1.1825-1.20190.16014920.1264916197
1.2019-1.22270.14284920.1188898396
1.2227-1.24490.14624700.1219914897
1.2449-1.26880.15034960.1211921498
1.2688-1.29470.14464810.1207918898
1.2947-1.32290.1624960.1212920898
1.3229-1.35370.15235050.1206924398
1.3537-1.38750.14194880.1182927698
1.3875-1.4250.14364870.1174925198
1.425-1.46690.14434840.1188931698
1.4669-1.51430.14264720.1146933199
1.5143-1.56840.13435080.1144933499
1.5684-1.63120.14114830.117940399
1.6312-1.70540.13725240.1197940199
1.7054-1.79530.14485230.12859411100
1.7953-1.90770.14385000.13169504100
1.9077-2.0550.15215400.13599503100
2.055-2.26170.15834990.14379526100
2.2617-2.58860.17025100.15189598100
2.5886-3.26020.16294910.15249677100
3.2602-24.95720.17464960.1592995599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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