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万見
- PDB-3vuo: Crystal structure of nontoxic nonhemagglutinin subcomponent (NTNH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vuo
タイトルCrystal structure of nontoxic nonhemagglutinin subcomponent (NTNHA) from clostridium botulinum serotype D strain 4947
要素NTNHA
キーワードTOXIN / Protection of botulinum neurotoxin / Botulinum neurotoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Botulinum neurotoxin, helical domain / Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain ...Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Botulinum neurotoxin, helical domain / Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-toxic nonhemagglutinin type D
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Sagane, Y. / Miyashita, S.-I. / Miyata, K. / Matsumoto, T. / Inui, K. / Hayashi, S. / Suzuki, T. / Hasegawa, K. / Yajima, S. / Yamano, A. ...Sagane, Y. / Miyashita, S.-I. / Miyata, K. / Matsumoto, T. / Inui, K. / Hayashi, S. / Suzuki, T. / Hasegawa, K. / Yajima, S. / Yamano, A. / Niwa, K. / Watanabe, T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: Small-angle X-ray scattering reveals structural dynamics of the botulinum neurotoxin associating protein, nontoxic nonhemagglutinin
著者: Sagane, Y. / Miyashita, S. / Miyata, K. / Matsumoto, T. / Inui, K. / Hayashi, S. / Suzuki, T. / Hasegawa, K. / Yajima, S. / Yamano, A. / Niwa, K. / Watanabe, T.
履歴
登録2012年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NTNHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,5761
ポリマ－138,5761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.851, 147.851, 229.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 NTNHA / nontoxic nonhemagglutinin


分子量: 138576.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
株: D-4947 / 遺伝子: ntnha / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LBR2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 30%(w/v) poly-ethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.9→31.08 Å / Num. obs: 25867

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
REFMAC5.6.0117精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 39.219 / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.753 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Hydrogens have been used if present in the input
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30947 1308 5.1 %RANDOM
Rwork0.22716 ---
obs0.23106 24557 95.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 135.092 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.11 Å21.05 Å2-0 Å2
2--2.11 Å2-0 Å2
3----3.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8942 0 0 0 8942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.029107
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7521.94512291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.28851146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.54125.6400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.526151517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9031521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.9→3.997 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 85 -
Rwork0.301 1620 -
obs--95.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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