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万見
- PDB-3vue: Crystal Structure of Rice Granule bound Starch Synthase I Catalyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vue
タイトルCrystal Structure of Rice Granule bound Starch Synthase I Catalytic Domain
要素Granule-bound starch synthase 1, chloroplastic/amyloplastic
キーワードTRANSFERASE / Rossmann fold / glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


NDP-glucose-starch glucosyltransferase / starch biosynthetic process / amyloplast / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / IgE binding / chloroplast / ADP binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Granule-bound starch synthase 1, chloroplastic/amyloplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Momma, M. / Fujimoto, Z.
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2012
タイトル: Interdomain Disulfide Bridge in the Rice Granule Bound Starch Synthase I Catalytic Domain as Elucidated by X-Ray Structure Analysis
著者: Momma, M. / Fujimoto, Z.
履歴
登録2012年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granule-bound starch synthase 1, chloroplastic/amyloplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7385
ポリマ－59,3541
非ポリマー3844
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.904, 152.904, 152.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432

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要素

#1: タンパク質 Granule-bound starch synthase 1, chloroplastic/amyloplastic / GBSS-I


分子量: 59354.000 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, UNP residues 83-609 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 株: japonica cultivar-group
遺伝子: WAXY, WX, WX-B, Os06g0133000, LOC_Os06g04200, 134P10.7, P0679C08.19
プラスミド: pET45b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) gold
参照: UniProt: Q0DEV5, NDP-glucose-starch glucosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M Lithium Sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 17202 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 78.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 1681 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GUH

3guh


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 11.367 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.792 / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26707 864 5.1 %RANDOM
Rwork0.21846 ---
obs0.22077 16018 97.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.896 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3812 0 20 61 3893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.9685297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2395486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.07323.988173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.7615672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2421525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.951.52423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81223895
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3831490
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1274.51402
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 76 -
Rwork0.331 1125 -
obs--96.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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