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- PDB-3vqm: Small heat shock protein hsp14.0 of C-terminal deletion variant w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vqm
タイトルSmall heat shock protein hsp14.0 of C-terminal deletion variant with C-terminal peptide
要素
  • C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
  • Small heat shock protein StHsp14.0
キーワードCHAPERONE / alpha-crystallin domain
機能・相同性Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Small heat shock protein StHsp14.0
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Hanazono, Y. / Takeda, K. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural studies on the oligomeric transition of a small heat shock protein, StHsp14.0
著者: Hanazono, Y. / Takeda, K. / Yohda, M. / Miki, K.
履歴
登録2012年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Small heat shock protein StHsp14.0
B: Small heat shock protein StHsp14.0
C: Small heat shock protein StHsp14.0
D: Small heat shock protein StHsp14.0
E: Small heat shock protein StHsp14.0
F: Small heat shock protein StHsp14.0
G: Small heat shock protein StHsp14.0
H: Small heat shock protein StHsp14.0
I: Small heat shock protein StHsp14.0
J: Small heat shock protein StHsp14.0
K: Small heat shock protein StHsp14.0
L: Small heat shock protein StHsp14.0
M: Small heat shock protein StHsp14.0
N: Small heat shock protein StHsp14.0
O: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
P: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
Q: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
R: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
S: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
T: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
U: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
V: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
W: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,70923
ポリマ－190,70923
非ポリマー00
水2,306128
1
A: Small heat shock protein StHsp14.0
B: Small heat shock protein StHsp14.0
O: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
P: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6744
ポリマ－27,6744
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Small heat shock protein StHsp14.0
D: Small heat shock protein StHsp14.0
Q: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0723
ポリマ－27,0723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Small heat shock protein StHsp14.0
F: Small heat shock protein StHsp14.0
R: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
S: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6744
ポリマ－27,6744
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Small heat shock protein StHsp14.0
H: Small heat shock protein StHsp14.0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4712
ポリマ－26,4712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Small heat shock protein StHsp14.0
J: Small heat shock protein StHsp14.0
T: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0723
ポリマ－27,0723
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Small heat shock protein StHsp14.0
L: Small heat shock protein StHsp14.0
U: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0723
ポリマ－27,0723
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Small heat shock protein StHsp14.0
N: Small heat shock protein StHsp14.0
V: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0
W: C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6744
ポリマ－27,6744
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.300, 161.900, 162.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Small heat shock protein StHsp14.0


分子量: 13235.255 Da / 分子数: 14 / 変異: deletion of 8 C-terminal residues / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / 遺伝子: hsp14.0, ST1653 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q970D9
#2: タンパク質・ペプチド
C-terminal peptide from Small heat shock protein StHsp14.0


分子量: 601.755 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is synthesized by the Fmoc solid phase method
参照: UniProt: Q970D9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHAIN A-N ARE DELETION OF EIGHT C-TERMINAL RESIDUES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM ammonium sulfate, 2.0% PEG8000, 15% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月20日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 65216 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3085 / Rsym value: 0.396 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AAB

3aab


解像度: 2.55→42.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 6700858.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 3284 5.1 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 64958 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.3269 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å20 Å2
2---6.71 Å20 Å2
3---7.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→42.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11877 0 0 128 12005
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.12.5
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 527 5.2 %
Rwork0.31 9672 -
obs--92.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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