PDB-3vpp: Crystal Structure of the Human CLEC9A C-type Lectin-Like Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vpp

タイトル

Crystal Structure of the Human CLEC9A C-type Lectin-Like Domain

要素

C-type lectin domain family 9 member A

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Dendritic Cell / C-Type Lectin-Like domain / Membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cytokine production => GO:0001819 / receptor-mediated endocytosis / carbohydrate binding / membrane => GO:0016020 / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.642 Å

データ登録者

Czabotar, P.E. / Zhang, J.G. / Policheni, A.N. / Shortman, K. / Lahoud, M.H. / Colman, P.M.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2012
タイトル: The dendritic cell receptor Clec9A binds damaged cells via exposed actin filaments.
著者: Zhang, J.G. / Czabotar, P.E. / Policheni, A.N. / Caminschi, I. / Wan, S.S. / Kitsoulis, S. / Tullett, K.M. / Robin, A.Y. / Brammananth, R. / van Delft, M.F. / Lu, J. / O'Reilly, L.A. / ...

履歴

登録	2012年3月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月16日	Group: Experimental preparation
改定 1.3	2021年4月28日	Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle ...entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vpp.cif.gz	121.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vpp.ent.gz	93.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vpp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3vpp_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vpp_full_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示
XML形式データ	3vpp_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	3vpp_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/3vpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/3vpp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1fm5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3imd-2 5naj-4 1ka6-d 3imj-2 6r0q-1 3imd-1 4n34-2 4n34-1 4a75-1 3qf2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (8) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-type lectin domain family 9 member A

B: C-type lectin domain family 9 member A

ヘテロ分子

30.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: C-type lectin domain family 9 member A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: C-type lectin domain family 9 member A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.170, 53.824, 57.446
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	C-type lectin domain family 9 member A 分子量: 15059.679 Da / 分子数: 2 / 断片: C-Type Lectin-Like Domain, UNP RESIDUES 110-241 / 変異: S225D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLEC9A, UNQ9341/PRO34046 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6UXN8
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.77 %
結晶化	温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 1.1271 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1271 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.64→20 Å / Num. all: 58250 / Num. obs: 56639 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2.1 / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3.81 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 8.33

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.64-1.74	3.65	0.765	2.1	8762	1	93.5
1.74-1.86	3.84	0.477	3.46	8541	1	96.7
1.86-2.01	3.85	0.275	5.61	7978	1	97.3
2.01-2.2	3.85	0.173	7.84	7369	1	98
2.2-2.45	3.86	0.123	9.97	6698	1	97.8
2.45-2.83	3.84	0.098	11.72	5960	1	98.9
2.83-3.44	3.81	0.079	14.74	5072	1	99.1
3.44-4.8	3.74	0.069	17.48	3962	1	99.2
4.8-20	3.86	0.067	17.84	2297	1	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 1FM5

1fm5

解像度: 1.642→19.894 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2265	2843	5.02 %	Random
R_work	0.1889	-	-	-
all	0.1908	59476	-	-
obs	0.1908	56633	97.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.24 Å² / k_sol: 0.384 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.6189 Å²	-0 Å²	-5.6379 Å²
2-	-	-0.6171 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.0017 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.642→19.894 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1960	0	2	310	2272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2046
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.122	2775
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.523	735
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	350

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6423-1.6706	0.3264	129	0.3144	2446	88
1.6706-1.701	0.3348	141	0.3025	2636	96
1.701-1.7337	0.341	140	0.2774	2695	96
1.7337-1.769	0.2665	140	0.2428	2628	97
1.769-1.8075	0.2525	140	0.2179	2683	97
1.8075-1.8495	0.253	140	0.207	2677	97
1.8495-1.8957	0.2318	143	0.195	2685	98
1.8957-1.9469	0.2497	141	0.1878	2661	97
1.9469-2.0042	0.2233	144	0.1744	2711	97
2.0042-2.0688	0.249	141	0.187	2670	97
2.0688-2.1426	0.2338	143	0.1935	2727	98
2.1426-2.2283	0.2498	139	0.1746	2715	98
2.2283-2.3296	0.2164	141	0.1763	2690	98
2.3296-2.4522	0.2129	147	0.1819	2733	98
2.4522-2.6055	0.2265	142	0.1824	2721	99
2.6055-2.8062	0.2382	147	0.1884	2760	99
2.8062-3.0877	0.1924	145	0.1831	2706	99
3.0877-3.5323	0.2019	146	0.1655	2745	99
3.5323-4.4421	0.1987	148	0.1502	2749	100
4.4421-19.8952	0.2127	146	0.204	2752	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.001	0.961	0.7307	2.0604	0.3806	1.2831	0.0178	-0.0958	-0.1479	0.1088	0.0043	0.2238	0.2835	-0.4143	-0.0159	0.1723	-0.0666	0.0301	0.199	-0.0049	0.1065	-10.1126	6.4084	6.4593
2	2.3618	0.5556	0.9609	1.8008	0.0241	2.3322	0.1686	0.0106	-0.2424	0.2394	0.0546	-0.109	0.414	0.0707	-0.1821	0.167	0.0208	-0.0239	0.0762	-0.0093	0.1288	-0.3897	3.6494	3.4783
3	2.9671	-0.3854	-0.3539	2.5325	1.4736	6.3656	-0.0193	-0.2331	0.5168	0.0423	0.0173	-0.0099	-0.25	-0.2735	0.0761	0.1068	0.0062	-0.0015	0.1664	-0.0067	0.2106	-13.5097	12.1992	-4.3643
4	2.6717	-0.9744	0.2394	3.8054	0.6452	2.049	0.0394	-0.0384	0.1336	-0.0384	-0.1275	0.0445	-0.225	-0.0989	0.0021	0.0829	0.0052	-0.0092	0.0525	-0.0159	0.0707	-2.0007	14.8753	-0.131
5	1.4642	0.3019	-0.561	0.1005	-0.0849	0.2388	0.1938	0.4644	-0.0195	-0.1176	0.1685	-0.5007	0.1036	0.5148	-0.0747	0.101	0.0199	0.0537	0.2749	-0.0561	0.2187	7.5646	4.5071	-11.3019
6	2.3377	-0.694	1.6323	2.4702	-0.0066	3.071	-0.0408	0.1859	0.1091	0.2034	0.0138	-0.422	-0.0396	0.1857	-0.0488	0.0927	0.0075	-0.0208	0.0794	-0.0038	0.0972	1.0916	6.2644	-10.5168
7	1.014	-0.0058	-0.0429	1.5197	0.2413	1.8076	0.0529	0.0121	0.0032	-0.0377	0.0267	-0.043	0.0994	0.0743	-0.0463	0.1031	-0.0069	-0.0008	0.0932	-0.0176	0.0831	-0.7317	11.397	-0.2205
8	1.6785	-0.1042	-0.2976	0.8337	0.7942	2.9218	-0.0891	-0.1355	0.1874	-0.208	-0.1358	0.1804	-0.5881	-0.8238	0.1128	0.0978	0.1109	-0.0341	0.2436	-0.066	0.152	-23.2739	-6.3141	-24.3192
9	3.3287	-2.9366	0.4637	5.0872	0.4537	2.4691	-0.1318	0.2402	0.314	-0.8237	0.0757	0.0407	-0.6612	-0.0751	-0.0012	0.2632	-0.0013	-0.0308	0.1166	0.0193	0.1217	-14.8371	-3.8875	-34.1382
10	0.5958	0.0631	1.322	0.6676	-1.0842	5.195	-0.1974	0.0121	0.2336	0.165	-0.138	0.0267	-0.6695	0.2517	0.0756	0.097	0.0094	0.0023	0.1035	-0.0036	0.1305	-13.546	-2.8623	-22.0514
11	5.5965	1.7982	2.7017	3.4498	1.1163	4.3126	-0.0676	-0.1428	-0.3423	0.1134	0.0158	-0.0364	0.2663	-0.6608	0.138	0.1359	-0.0226	0.0503	0.1726	0.016	0.1171	-17.7536	-11.9101	-14.2352
12	3.0234	1.4149	-0.4984	4.8849	-0.4483	2.7678	0.0746	-0.1771	-0.346	0.1267	-0.1029	-0.0483	0.3312	-0.3667	-0.0323	0.0984	-0.0329	-0.0017	0.0966	-0.0008	0.109	-15.8479	-16.8414	-25.4358
13	0.5264	-0.1653	-0.4333	0.1014	0.1096	0.3608	-0.0656	0.2083	0.2408	-0.2471	-0.0275	-1.0358	-0.3882	1.1251	0.0748	0.1264	-0.0991	0.068	0.3793	0.0338	0.3557	2.4656	-4.2774	-27.3636
14	1.1178	-2.1914	-0.1644	5.1695	0.2679	5.4035	-0.1447	0.0554	-0.0151	0.0491	-0.0229	-0.17	-0.4611	0.3209	0.085	0.0753	-0.0153	0.0032	0.0816	0.0031	0.1334	-3.5478	-1.7029	-23.0056
15	1.0571	-0.1713	-0.7473	2.0371	0.2236	8.9419	0.0677	0.3096	-0.3184	-0.3992	0.1484	-0.2029	0.2429	0.3283	-0.0846	0.1668	0.0024	0.001	0.1902	-0.0439	0.1291	-1.2816	-9.9527	-20.822
16	1.689	0.16	0.7278	1.5829	0.232	1.6898	-0.0241	-0.0344	-0.1016	0.0347	0.0182	-0.0814	-0.0752	-0.0301	-0.0148	0.0611	0.0045	0.006	0.0805	-0.0123	0.0764	-11.9105	-11.1972	-26.4237

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 111:133)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 134:153)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 154:166)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 167:179)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 180:188)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 189:209)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 210:237)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 111:133)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 134:144)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 145:153)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 154:166)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 167:176)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 177:184)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 185:193)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 194:209)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESSEQ 210:237)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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