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万見
- PDB-3voq: Crystal structure of the pleckstrin homology domain of human Sin1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3voq
タイトルCrystal structure of the pleckstrin homology domain of human Sin1, a TORC2 subunit
要素Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of cellular response to oxidative stress / phosphatidic acid binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / negative regulation of Ras protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / cellular response to nutrient levels ...TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of cellular response to oxidative stress / phosphatidic acid binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / negative regulation of Ras protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / cellular response to nutrient levels / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / cytoskeleton organization / substantia nigra development / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / VEGFR2 mediated vascular permeability / small GTPase binding / Regulation of TP53 Degradation / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cytoplasmic vesicle / positive regulation of cell growth / molecular adaptor activity / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sin1, N-terminal / Stress-activated map kinase interacting protein 1 (SIN1) / TORC2 component Sin1/Avo1 / SAPK-interacting protein 1, Pleckstrin-homology domain / Sin1, middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), Pleckstrin-homology / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily ...Sin1, N-terminal / Stress-activated map kinase interacting protein 1 (SIN1) / TORC2 component Sin1/Avo1 / SAPK-interacting protein 1, Pleckstrin-homology domain / Sin1, middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), Pleckstrin-homology / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pan, D. / Matsuura, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structures of the pleckstrin homology domain of Saccharomyces cerevisiae Avo1 and its human orthologue Sin1, an essential subunit of TOR complex 2
著者: Pan, D. / Matsuura, Y.
履歴
登録2012年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1
B: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2282
ポリマ－28,2282
非ポリマー00
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.293, 79.293, 123.599
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1 / TORC2 subunit MAPKAP1 / Mitogen-activated protein kinase 2-associated protein 1 / Stress-activated ...TORC2 subunit MAPKAP1 / Mitogen-activated protein kinase 2-associated protein 1 / Stress-activated map kinase-interacting protein 1 / SAPK-interacting protein 1 / mSIN1


分子量: 14114.072 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal PH domain, UNP residues 372-493 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIN1 / プラスミド: pET30a-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9BPZ7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 1.26M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月2日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.53 Å / Num. all: 27409 / Num. obs: 27409 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.911 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3907 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BSSデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ULB

3ulb


解像度: 2→41.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.981 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 1370 5 %RANDOM
Rwork0.1934 ---
all0.195 27409 --
obs0.195 27346 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.29 Å2 / Biso mean: 34.6473 Å2 / Biso min: 14.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1805 0 0 125 1930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.021840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4611.9522488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7935225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.35424.580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.63615324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.928156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1990.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211347
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 82 -
Rwork0.282 1707 -
all-1789 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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